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タイトルStructural basis of Chikungunya virus inhibition by monoclonal antibodies.
ジャーナル・号・ページProc Natl Acad Sci U S A, Vol. 117, Issue 44, Page 27637-27645, Year 2020
掲載日2020年11月3日
著者Qun Fei Zhou / Julie M Fox / James T Earnest / Thiam-Seng Ng / Arthur S Kim / Guntur Fibriansah / Victor A Kostyuchenko / Jian Shi / Bo Shu / Michael S Diamond / Shee-Mei Lok /
PubMed 要旨Chikungunya virus (CHIKV) is an emerging viral pathogen that causes both acute and chronic debilitating arthritis. Here, we describe the functional and structural basis as to how two anti-CHIKV ...Chikungunya virus (CHIKV) is an emerging viral pathogen that causes both acute and chronic debilitating arthritis. Here, we describe the functional and structural basis as to how two anti-CHIKV monoclonal antibodies, CHK-124 and CHK-263, potently inhibit CHIKV infection in vitro and in vivo. Our in vitro studies show that CHK-124 and CHK-263 block CHIKV at multiple stages of viral infection. CHK-124 aggregates virus particles and blocks attachment. Also, due to antibody-induced virus aggregation, fusion with endosomes and egress are inhibited. CHK-263 neutralizes CHIKV infection mainly by blocking virus attachment and fusion. To determine the structural basis of neutralization, we generated cryogenic electron microscopy reconstructions of Fab:CHIKV complexes at 4- to 5-Å resolution. CHK-124 binds to the E2 domain B and overlaps with the Mxra8 receptor-binding site. CHK-263 blocks fusion by binding an epitope that spans across E1 and E2 and locks the heterodimer together, likely preventing structural rearrangements required for fusion. These results provide structural insight as to how neutralizing antibody engagement of CHIKV inhibits different stages of the viral life cycle, which could inform vaccine and therapeutic design.
リンクProc Natl Acad Sci U S A / PubMed:33087569 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度4.5 - 9.4 Å
構造データ

30476

7cvy

EMDB-30476, PDB-7cvy:
Cryo-EM structure of Chikungunya virus in complex with Fab fragments of mAb CHK-124
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.2 Å

30477

7cvz

EMDB-30477, PDB-7cvz:
Cryo-EM structure of Chikungunya virus in complex with Fab fragments of mAb CHK-263
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.7 Å

30478

7cw0

EMDB-30478, PDB-7cw0:
Cryo-EM structure of Chikungunya virus in complex with mAb CHK-263 IgG
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.9 Å

30479

7cw2

EMDB-30479, PDB-7cw2:
Cryo-EM structure of Chikungunya virus in complex with Fab fragments of mAb CHK-263 (subregion around icosahedral 5-fold vertex)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.5 Å

30480

7cw3

EMDB-30480, PDB-7cw3:
Cryo-EM structure of Chikungunya virus in complex with mAb CHK-263 IgG (subregion around icosahedral 2-fold vertex)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 9.4 Å

由来
  • chikungunya virus (チクングニヤウイルス)
  • mus musculus (ハツカネズミ)
キーワードIMMUNE SYSTEM/VIRUS (免疫系) / CHIKV (チクングニア熱) / Fab / complex / VIRUS (ウイルス) / IMMUNE SYSTEM-VIRUS complex (免疫系) / VIRUS/IMMUNE SYSTEM / VIRUS-IMMUNE SYSTEM complex / IgG / localized reconstruction

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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