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タイトルBivalent intra-spike binding provides durability against emergent Omicron lineages: Results from a global consortium.
ジャーナル・号・ページCell Rep, Vol. 42, Issue 1, Page 112014, Year 2023
掲載日2023年1月31日
著者Heather M Callaway / Kathryn M Hastie / Sharon L Schendel / Haoyang Li / Xiaoying Yu / Jeremy Shek / Tierra Buck / Sean Hui / Dan Bedinger / Camille Troup / S Moses Dennison / Kan Li / Michael D Alpert / Charles C Bailey / Sharon Benzeno / Jody L Bonnevier / Jin-Qiu Chen / Charm Chen / Hyeseon Cho / Peter D Crompton / Vincent Dussupt / Kevin C Entzminger / Yassine Ezzyat / Jonathan K Fleming / Nick Geukens / Amy E Gilbert / Yongjun Guan / Xiaojian Han / Christopher J Harvey / Julia M Hatler / Bryan Howie / Chao Hu / Ailong Huang / Maya Imbrechts / Aishun Jin / Nik Kamachi / Gladys Keitany / Mark Klinger / Jay K Kolls / Shelly J Krebs / Tingting Li / Feiyan Luo / Toshiaki Maruyama / Michael A Meehl / Letzibeth Mendez-Rivera / Andrea Musa / C J Okumura / Benjamin E R Rubin / Aaron K Sato / Meiying Shen / Anirudh Singh / Shuyi Song / Joshua Tan / Jeffrey M Trimarchi / Dhruvkumar P Upadhyay / Yingming Wang / Lei Yu / Tom Z Yuan / Erik Yusko / Bjoern Peters / Georgia Tomaras / Erica Ollmann Saphire /
PubMed 要旨The SARS-CoV-2 Omicron variant of concern (VoC) and its sublineages contain 31-36 mutations in spike and escape neutralization by most therapeutic antibodies. In a pseudovirus neutralization assay, ...The SARS-CoV-2 Omicron variant of concern (VoC) and its sublineages contain 31-36 mutations in spike and escape neutralization by most therapeutic antibodies. In a pseudovirus neutralization assay, 66 of the nearly 400 candidate therapeutics in the Coronavirus Immunotherapeutic Consortium (CoVIC) panel neutralize Omicron and multiple Omicron sublineages. Among natural immunoglobulin Gs (IgGs), especially those in the receptor-binding domain (RBD)-2 epitope community, nearly all Omicron neutralizers recognize spike bivalently, with both antigen-binding fragments (Fabs) simultaneously engaging adjacent RBDs on the same spike. Most IgGs that do not neutralize Omicron bind either entirely monovalently or have some (22%-50%) monovalent occupancy. Cleavage of bivalent-binding IgGs to Fabs abolishes neutralization and binding affinity, with disproportionate loss of activity against Omicron pseudovirus and spike. These results suggest that VoC-resistant antibodies overcome mutagenic substitution via avidity. Hence, vaccine strategies targeting future SARS-CoV-2 variants should consider epitope display with spacing and organization identical to trimeric spike.
リンクCell Rep / PubMed:36681898 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度16.0 - 26.0 Å
構造データ

EMDB-28090: Negative stain EM map of SARS-CoV-2 Spike in complex with CoVIC-040
手法: EM (単粒子) / 解像度: 16.3 Å

EMDB-28091: Negative stain EM map of SARS-CoV-2 Spike in complex with CoVIC-045
手法: EM (単粒子) / 解像度: 18.0 Å

EMDB-28092: Negative stain EM map of SARS-CoV-2 Spike in complex with CoVIC-093
手法: EM (単粒子) / 解像度: 16.0 Å

EMDB-28093: Negative stain EM map of SARS-CoV-2 Spike in complex with CoVIC-156
手法: EM (単粒子) / 解像度: 18.0 Å

EMDB-28094: Negative stain EM map of SARS-CoV-2 Spike in complex with CoVIC-234
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-28095: Negative stain EM map of SARS-CoV-2 Spike in complex with CoVIC-260
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-28096: Negative stain EM map of SARS-CoV-2 Spike in complex with CoVIC-279
手法: EM (単粒子) / 解像度: 26.0 Å

EMDB-28097: Negative stain EM map of SARS-CoV-2 Spike in complex with CoVIC-290
手法: EM (単粒子) / 解像度: 22.0 Å

EMDB-28098: Negative stain EM map of SARS-CoV-2 Spike in complex with CoVIC-294
手法: EM (単粒子) / 解像度: 17.0 Å

EMDB-28099: Negative stain EM map of SARS-CoV-2 Spike in complex with CoVIC-295
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-28100: Negative stain EM map of SARS-CoV-2 Spike in complex with CoVIC-299
手法: EM (単粒子) / 解像度: 18.0 Å

EMDB-28102: Negative stain EM map of SARS-CoV-2 Spike in complex with CoVIC-334
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-28103: Negative stain EM map of SARS-CoV-2 Spike in complex with CoVIC-360
手法: EM (単粒子) / 解像度: 21.0 Å

EMDB-28104: Negative stain EM map of SARS-CoV-2 Spike in complex with CoVIC-361
手法: EM (単粒子) / 解像度: 16.0 Å

EMDB-28105: Negative stain EM map of SARS-CoV-2 Spike in complex with CoVIC-362
手法: EM (単粒子) / 解像度: 17.0 Å

EMDB-28106: Negative stain EM map of SARS-CoV-2 Spike in complex with CoVIC-368
手法: EM (単粒子) / 解像度: 16.0 Å

EMDB-28168: Negative stain EM map of SARS-CoV-2 Spike in complex with CoVIC-292
手法: EM (単粒子) / 解像度: 17.0 Å

EMDB-28169: Negative stain EM map of SARS-CoV-2 Spike in complex with CoVIC-333
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-28170: Negative stain EM map of SARS-CoV-2 Spike in complex with CoVIC-355
手法: EM (単粒子) / 解像度: 16.0 Å

EMDB-28171: Negative stain EM map of SARS-CoV-2 Spike in complex with CoVIC-371
手法: EM (単粒子) / 解像度: 18.0 Å

由来
  • Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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