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Structure paper

タイトルMechanism of actin filament branch formation by Arp2/3 complex revealed by a high-resolution cryo-EM structureof the branch junction.
ジャーナル・号・ページProc Natl Acad Sci U S A, Vol. 119, Issue 49, Page e2206722119, Year 2022
掲載日2022年12月6日
著者Steven Z Chou / Moon Chatterjee / Thomas D Pollard /
PubMed 要旨We reconstructed the structure of actin filament branch junctions formed by fission yeast Arp2/3 complex at 3.5 Å resolution from images collected by electron cryo-microscopy. During specimen ...We reconstructed the structure of actin filament branch junctions formed by fission yeast Arp2/3 complex at 3.5 Å resolution from images collected by electron cryo-microscopy. During specimen preparation, all of the actin subunits and Arp3 hydrolyzed their bound adenosine triphosphate (ATP) and dissociated the γ-phosphate, but Arp2 retained the γ-phosphate. Binding tightly to the side of the mother filament and nucleating the daughter filament growing as a branch requires Arp2/3 complex to undergo a dramatic conformational change where two blocks of structure rotate relative to each other about 25° to align Arp2 and Arp3 as the first two subunits in the branch. During branch formation, Arp2/3 complex acquires more than 8,000 Å of new buried surface, accounting for the stability of the branch. Inactive Arp2/3 complex binds only transiently to the side of an actin filament, because its conformation allows only a subset of the interactions found in the branch junction.
リンクProc Natl Acad Sci U S A / PubMed:36442092 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.5 Å
構造データ

27962

8e9b

EMDB-27962, PDB-8e9b:
Cryo-EM structure of S. pombe Arp2/3 complex in the branch junction
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM / アデノシン二リン酸

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM / アデノシン三リン酸

由来
  • schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
  • gallus gallus (ニワトリ)
  • Fission yeast (分裂酵母)
  • chicken (ニワトリ)
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / Arp2-3 complex / branch juction / polymerization (重合反応)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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