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Structure paper

タイトルStructural insights into the mechanism of the sodium/iodide symporter.
ジャーナル・号・ページNature, Vol. 612, Issue 7941, Page 795-801, Year 2022
掲載日2022年12月14日
著者Silvia Ravera / Juan Pablo Nicola / Glicella Salazar-De Simone / Fred J Sigworth / Erkan Karakas / L Mario Amzel / Mario A Bianchet / Nancy Carrasco /
PubMed 要旨The sodium/iodide symporter (NIS) is the essential plasma membrane protein that mediates active iodide (I) transport into the thyroid gland, the first step in the biosynthesis of the thyroid hormones- ...The sodium/iodide symporter (NIS) is the essential plasma membrane protein that mediates active iodide (I) transport into the thyroid gland, the first step in the biosynthesis of the thyroid hormones-the master regulators of intermediary metabolism. NIS couples the inward translocation of I against its electrochemical gradient to the inward transport of Na down its electrochemical gradient. For nearly 50 years before its molecular identification, NIS was the molecule at the centre of the single most effective internal radiation cancer therapy: radioiodide (I) treatment for thyroid cancer. Mutations in NIS cause congenital hypothyroidism, which must be treated immediately after birth to prevent stunted growth and cognitive deficiency. Here we report three structures of rat NIS, determined by single-particle cryo-electron microscopy: one with no substrates bound; one with two Na and one I bound; and one with one Na and the oxyanion perrhenate bound. Structural analyses, functional characterization and computational studies show the substrate-binding sites and key residues for transport activity. Our results yield insights into how NIS selects, couples and translocates anions-thereby establishing a framework for understanding NIS function-and how it transports different substrates with different stoichiometries and releases substrates from its substrate-binding cavity into the cytosol.
リンクNature / PubMed:36517601 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.1 - 3.3 Å
構造データ

26806

7uuy

EMDB-26806, PDB-7uuy:
Structure of the sodium/iodide symporter (NIS)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

26807

7uuz

EMDB-26807, PDB-7uuz:
Structure of the sodium/iodide symporter (NIS) in complex with perrhenate and sodium
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

26808

7uv0

EMDB-26808, PDB-7uv0:
Structure of the sodium/iodide symporter (NIS) in complex with iodide and sodium
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

化合物

ChemComp-3PH:
1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / ジステアロイルホスファチジン酸 / ホスファチジン酸

ChemComp-NA:
Unknown entry / ナトリウムカチオン

ChemComp-REO:
PERRHENATE / メタ過レニウム酸アニオン / Perrhenate

ChemComp-IOD:
IODIDE ION / ヨ-ジド / ヨウ化物

由来
  • rattus norvegicus (ドブネズミ)
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / NIS / iodide (ヨウ化物) / symporter (シンポート) / cryo-EM (低温電子顕微鏡法)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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