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タイトルStructure of a type IV secretion system core complex encoded by multi-drug resistance F plasmids.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 13, Issue 1, Page 379, Year 2022
掲載日2022年1月19日
著者Xiangan Liu / Pratick Khara / Matthew L Baker / Peter J Christie / Bo Hu /
PubMed 要旨Bacterial type IV secretion systems (T4SSs) are largely responsible for the proliferation of multi-drug resistance. We solved the structure of the outer-membrane core complex (OMCC) of a T4SS encoded ...Bacterial type IV secretion systems (T4SSs) are largely responsible for the proliferation of multi-drug resistance. We solved the structure of the outer-membrane core complex (OMCC) of a T4SS encoded by a conjugative F plasmid at <3.0 Å resolution by cryoelectron microscopy. The OMCC consists of a 13-fold symmetrical outer ring complex (ORC) built from 26 copies of TraK and TraV C-terminal domains, and a 17-fold symmetrical central cone (CC) composed of 17 copies of TraB β-barrels. Domains of TraV and TraB also bind the CC and ORC substructures, establishing that these proteins undergo an intraprotein symmetry alteration to accommodate the C13:C17 symmetry mismatch. We present evidence that other pED208-encoded factors stabilize the C13:C17 architecture and define the importance of TraK, TraV and TraB domains to T4SS function. This work identifies OMCC structural motifs of proposed importance for structural transitions associated with F plasmid dissemination and F pilus biogenesis.
リンクNat Commun / PubMed:35046412 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.95 - 4.22 Å
構造データ

EMDB-24768:
C1 reconstruction for Outer Membrane Core Complex (OMCC) of Type IV Secretion System (T4SS) encoded by F-plasmid (pED208)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.22 Å

24769

7spb

EMDB-24769: C13 reconstruction for Outer Membrane Core Complex (OMCC) of Type IV Secretion System (T4SS) encoded by F-plasmid (pED208).
PDB-7spb: Models for C13 reconstruction of Outer Membrane Core Complex (OMCC) of Type IV Secretion System (T4SS) encoded by F-plasmid (pED208).
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.31 Å

24770

7spc

EMDB-24770: C17 reconstruction for Outer Membrane Core Complex (OMCC) of Type IV Secretion System (T4SS) encoded by F-plasmid (pED208)
PDB-7spc: Models for C17 reconstruction of Outer Membrane Core Complex (OMCC) of Type IV Secretion System (T4SS) encoded by F-plasmid (pED208).
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.95 Å

24771

7spi

EMDB-24771: C13 reconstruction for Outer Membrane Core Complex (OMCC) of Type IV Secretion System (T4SS) encoded by a plasmid overproducing TraV, TraK and TraB of pED208
PDB-7spi: Models for C13 reconstruction of Outer Membrane Core Complex (OMCC) of Type IV Secretion System (T4SS) encoded by a plasmid overproducing TraV, TraK and TraB of pED208
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.97 Å

24772

7spj

EMDB-24772: C17 reconstruction for Outer Membrane Core Complex (OMCC) of Type IV Secretion System (T4SS) encoded by a plasmid overproducing TraV, TraK and TraB of pED208
PDB-7spj: Models for C17 reconstruction of Outer Membrane Core Complex (OMCC) of Type IV Secretion System (T4SS) encoded by a plasmid overproducing TraV, TraK and TraB of pED208
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.54 Å

24773

7spk

EMDB-24773: C16 reconstruction for Outer Membrane Core Complex (OMCC) of Type IV Secretion System (T4SS) encoded by a plasmid overproducing TraV, TraK and TraB of pED208
PDB-7spk: Models for C16 reconstruction of Outer Membrane Core Complex (OMCC) of Type IV Secretion System (T4SS) encoded by a plasmid overproducing TraV, TraK and TraB of pED208
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.87 Å

由来
  • Escherichia coli (大腸菌)
  • Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
  • salmonella typhi (サルモネラ菌)
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / Symmetry alteration / Symmetry mismatch / Drug resistance (薬剤耐性) / Type IV secretion system (T4SS) (分泌)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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