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タイトルStructural basis of bacteriophage T5 infection trigger and cell wall perforation.
ジャーナル・号・ページSci Adv, Vol. 9, Issue 12, Page eade9674, Year 2023
掲載日2023年3月24日
著者Romain Linares / Charles-Adrien Arnaud / Grégory Effantin / Claudine Darnault / Nathan Hugo Epalle / Elisabetta Boeri Erba / Guy Schoehn / Cécile Breyton /
PubMed 要旨Most bacteriophages present a tail allowing host recognition, cell wall perforation, and viral DNA channeling from the capsid to the infected bacterium cytoplasm. The majority of tailed phages bear a ...Most bacteriophages present a tail allowing host recognition, cell wall perforation, and viral DNA channeling from the capsid to the infected bacterium cytoplasm. The majority of tailed phages bear a long flexible tail () at the tip of which receptor binding proteins (RBPs) specifically interact with their host, triggering infection. In siphophage T5, the unique RBP is located at the extremity of a central fiber. We present the structures of T5 tail tip, determined by cryo-electron microscopy before and after interaction with its receptor, FhuA, reconstituted into nanodisc. These structures bring out the important conformational changes undergone by T5 tail tip upon infection, which include bending of T5 central fiber on the side of the tail tip, tail anchoring to the membrane, tail tube opening, and formation of a transmembrane channel. The data allow to detail the first steps of an otherwise undescribed infection mechanism.
リンクSci Adv / PubMed:36961893 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.45 - 4.32 Å
構造データ

EMDB-13953, PDB-7qg9:
Tail tip of siphophage T5 : common core proteins
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.45 Å

EMDB-14733, PDB-7zhj:
Tail tip of siphophage T5 : tip proteins
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.53 Å

EMDB-14790: Tail tip of siphophage T5 : central fibre
PDB-7zlv: Tail tip of siphophage T5 : central fibre protein pb4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.22 Å

EMDB-14799, PDB-7zn2:
Tail tip of siphophage T5 : full complex after interaction with its bacterial receptor FhuA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.29 Å

EMDB-14800, PDB-7zn4:
Tail tip of siphophage T5 : bent fibre after interaction with its bacterial receptor FhuA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.32 Å

EMDB-14869, PDB-7zqb:
Tail tip of siphophage T5 : full structure
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.88 Å

EMDB-14873, PDB-7zqp:
Tail tip of siphophage T5 : open cone after interaction with bacterial receptor FhuA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

由来
  • Enterobacteria phage T5 (ファージ)
  • escherichia phage t5 (ファージ)
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / Bacteriophage (ファージ) / Siphophage / T5 / baseplate (三脚) / VIRUS LIKE PARTICLE (ウイルス様粒子)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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