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Structure paper

タイトルStructure of RyR1 in native membranes.
ジャーナル・号・ページEMBO Rep, Vol. 21, Issue 5, Page e49891, Year 2020
掲載日2020年5月6日
著者Wenbo Chen / Mikhail Kudryashev /
PubMed 要旨Ryanodine receptor 1 (RyR1) mediates excitation-contraction coupling by releasing Ca from sarcoplasmic reticulum (SR) to the cytoplasm of skeletal muscle cells. RyR1 activation is regulated by ...Ryanodine receptor 1 (RyR1) mediates excitation-contraction coupling by releasing Ca from sarcoplasmic reticulum (SR) to the cytoplasm of skeletal muscle cells. RyR1 activation is regulated by several proteins from both the cytoplasm and lumen of the SR. Here, we report the structure of RyR1 from native SR membranes in closed and open states. Compared to the previously reported structures of purified RyR1, our structure reveals helix-like densities traversing the bilayer approximately 5 nm from the RyR1 transmembrane domain and sarcoplasmic extensions linking RyR1 to a putative calsequestrin network. We document the primary conformation of RyR1 in situ and its structural variations. The activation of RyR1 is associated with changes in membrane curvature and movement in the sarcoplasmic extensions. Our results provide structural insight into the mechanism of RyR1 in its native environment.
リンクEMBO Rep / PubMed:32147968 / PubMed Central
手法EM (サブトモグラム平均)
解像度12.6 - 38.0 Å
構造データ

EMDB-10637:
Structure of ryanodine receptor 1 in apo state in native membrane
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 12.6 Å

EMDB-10638:
Structure of Ryanodine Receptor 1 in the presence of ryanodine in native membrane (with Calcium)
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 17.5 Å

EMDB-10639:
Structure of ryanodine receptor 1 in apo state in native membrane with the T-tubule membrane
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 38.0 Å

EMDB-10640:
Rabbit ryanodine receptor 1 in the presence of 1mM Calcium in native membrane
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 27.7 Å

EMDB-10641:
Structure of ryanodine receptor 1 in native membrane in the presence of DDM and EDTA
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 25.7 Å

EMDB-10642:
Structure of rabbit ryanodine receptor 1 in apo state in native membrane (class 1)
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 15.4 Å

EMDB-10643:
Structure of rabbit ryanodine receptor 1 in apo state in native membrane (class 2)
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 18.0 Å

EMDB-10644:
Structure of ryanodine receptor 1 in apo state in native membrane (class 3)
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 18.0 Å

EMDB-10645:
Structure of ryanodine receptor 1 in apo state in native membrane (class 4)
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 21.6 Å

EMDB-10646:
Structure of ryanodine receptor 1 in native membrane in the presence of 5mM Calcium
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 30.0 Å

由来
  • Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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