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Structure paper

タイトルParental histone transfer caught at the replication fork.
ジャーナル・号・ページNature, Vol. 627, Issue 8005, Page 890-897, Year 2024
掲載日2024年3月6日
著者Ningning Li / Yuan Gao / Yujie Zhang / Daqi Yu / Jianwei Lin / Jianxun Feng / Jian Li / Zhichun Xu / Yingyi Zhang / Shangyu Dang / Keda Zhou / Yang Liu / Xiang David Li / Bik Kwoon Tye / Qing Li / Ning Gao / Yuanliang Zhai /
PubMed 要旨In eukaryotes, DNA compacts into chromatin through nucleosomes. Replication of the eukaryotic genome must be coupled to the transmission of the epigenome encoded in the chromatin. Here we report cryo- ...In eukaryotes, DNA compacts into chromatin through nucleosomes. Replication of the eukaryotic genome must be coupled to the transmission of the epigenome encoded in the chromatin. Here we report cryo-electron microscopy structures of yeast (Saccharomyces cerevisiae) replisomes associated with the FACT (facilitates chromatin transactions) complex (comprising Spt16 and Pob3) and an evicted histone hexamer. In these structures, FACT is positioned at the front end of the replisome by engaging with the parental DNA duplex to capture the histones through the middle domain and the acidic carboxyl-terminal domain of Spt16. The H2A-H2B dimer chaperoned by the carboxyl-terminal domain of Spt16 is stably tethered to the H3-H4 tetramer, while the vacant H2A-H2B site is occupied by the histone-binding domain of Mcm2. The Mcm2 histone-binding domain wraps around the DNA-binding surface of one H3-H4 dimer and extends across the tetramerization interface of the H3-H4 tetramer to the binding site of Spt16 middle domain before becoming disordered. This arrangement leaves the remaining DNA-binding surface of the other H3-H4 dimer exposed to additional interactions for further processing. The Mcm2 histone-binding domain and its downstream linker region are nested on top of Tof1, relocating the parental histones to the replisome front for transfer to the newly synthesized lagging-strand DNA. Our findings offer crucial structural insights into the mechanism of replication-coupled histone recycling for maintaining epigenetic inheritance.
リンクNature / PubMed:38448592
手法EM (単粒子)
解像度3.5 - 3.9 Å
構造データ

EMDB-38313: Structure of yeast replisome associated with FACT and histone hexamer, the region of FACT-Histones optimized local map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

EMDB-38314: Structure of yeast replisome associated with FACT and histone hexamer,Conformation-2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

EMDB-38315: Structure of yeast replisome associated with FACT and histone hexamer, the region of polymerase epsilon optimized local map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

EMDB-38316: Structure of yeast replisome associated with FACT and histone hexamer, Conformation-1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

38317

8xgc

EMDB-38317, PDB-8xgc:
Structure of yeast replisome associated with FACT and histone hexamer, Composite map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM / アデノシン二リン酸

由来
  • saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
キーワードREPLICATION (DNA複製) / Replisome / FACT (事実) / histone hexamer

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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