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タイトルStructural basis of Gabija anti-phage defence and viral immune evasion.
ジャーナル・号・ページNature, Vol. 625, Issue 7994, Page 360-365, Year 2024
掲載日2023年11月22日
著者Sadie P Antine / Alex G Johnson / Sarah E Mooney / Azita Leavitt / Megan L Mayer / Erez Yirmiya / Gil Amitai / Rotem Sorek / Philip J Kranzusch /
PubMed 要旨Bacteria encode hundreds of diverse defence systems that protect them from viral infection and inhibit phage propagation. Gabija is one of the most prevalent anti-phage defence systems, occurring in ...Bacteria encode hundreds of diverse defence systems that protect them from viral infection and inhibit phage propagation. Gabija is one of the most prevalent anti-phage defence systems, occurring in more than 15% of all sequenced bacterial and archaeal genomes, but the molecular basis of how Gabija defends cells from viral infection remains poorly understood. Here we use X-ray crystallography and cryo-electron microscopy (cryo-EM) to define how Gabija proteins assemble into a supramolecular complex of around 500 kDa that degrades phage DNA. Gabija protein A (GajA) is a DNA endonuclease that tetramerizes to form the core of the anti-phage defence complex. Two sets of Gabija protein B (GajB) dimers dock at opposite sides of the complex and create a 4:4 GajA-GajB assembly (hereafter, GajAB) that is essential for phage resistance in vivo. We show that a phage-encoded protein, Gabija anti-defence 1 (Gad1), directly binds to the Gabija GajAB complex and inactivates defence. A cryo-EM structure of the virally inhibited state shows that Gad1 forms an octameric web that encases the GajAB complex and inhibits DNA recognition and cleavage. Our results reveal the structural basis of assembly of the Gabija anti-phage defence complex and define a unique mechanism of viral immune evasion.
リンクNature / PubMed:37992757 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度2.57 - 3 Å
構造データ

41983

8u7i

EMDB-41983, PDB-8u7i:
Structure of the phage immune evasion protein Gad1 bound to the Gabija GajAB complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.57 Å

PDB-8sm3:
Structure of Bacillus cereus VD045 Gabija GajA-GajB Complex
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.0 Å

化合物

ChemComp-SO4:
SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩

由来
  • bacillus phage phi3t (ファージ)
  • bacillus cereus vd045 (バクテリア)
キーワードDNA BINDING PROTEIN/Hydrolase / Anti-phage / Nuclease (ヌクレアーゼ) / Helicase (ヘリカーゼ) / DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / DNA BINDING PROTEIN-Hydrolase complex / VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / viral immune evasion / phage (ファージ) / bacteria (細菌) / anti-phage defense complex / DNA nuclease / DNA helicase (ヘリカーゼ)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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