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Structure paper

タイトルMolecular mechanism of choline and ethanolamine transport in humans.
ジャーナル・号・ページNature, Year 2024
掲載日2024年5月22日
著者Keiken Ri / Tsai-Hsuan Weng / Ainara Claveras Cabezudo / Wiebke Jösting / Yu Zhang / Andre Bazzone / Nancy C P Leong / Sonja Welsch / Raymond T Doty / Gonca Gursu / Tiffany Jia Ying Lim / Sarah Luise Schmidt / Janis L Abkowitz / Gerhard Hummer / Di Wu / Long N Nguyen / Schara Safarian /
PubMed 要旨Human feline leukaemia virus subgroup C receptor-related proteins 1 and 2 (FLVCR1 and FLVCR2) are members of the major facilitator superfamily. Their dysfunction is linked to several clinical ...Human feline leukaemia virus subgroup C receptor-related proteins 1 and 2 (FLVCR1 and FLVCR2) are members of the major facilitator superfamily. Their dysfunction is linked to several clinical disorders, including PCARP, HSAN and Fowler syndrome. Earlier studies concluded that FLVCR1 may function as a haem exporter, whereas FLVCR2 was suggested to act as a haem importer, yet conclusive biochemical and detailed molecular evidence remained elusive for the function of both transporters. Here, we show that FLVCR1 and FLVCR2 facilitate the transport of choline and ethanolamine across the plasma membrane, using a concentration-driven substrate translocation process. Through structural and computational analyses, we have identified distinct conformational states of FLVCRs and unravelled the coordination chemistry underlying their substrate interactions. Fully conserved tryptophan and tyrosine residues form the binding pocket of both transporters and confer selectivity for choline and ethanolamine through cation-π interactions. Our findings clarify the mechanisms of choline and ethanolamine transport by FLVCR1 and FLVCR2, enhance our comprehension of disease-associated mutations that interfere with these vital processes and shed light on the conformational dynamics of these major facilitator superfamily proteins during the transport cycle.
リンクNature / PubMed:38778100
手法EM (単粒子)
解像度2.6 - 3.1 Å
構造データ

18334

8qcs

EMDB-18334, PDB-8qcs:
Cryo-EM structure of the inward-facing FLVCR1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

18335

8qct

EMDB-18335, PDB-8qct:
Cryo-EM structure of the inward-facing choline-bound FLVCR1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.6 Å

18336

8qcx

EMDB-18336, PDB-8qcx:
Cryo-EM structure of the inward-facing FLVCR2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

18337

8qcy

EMDB-18337, PDB-8qcy:
Cryo-EM structure of the outward-facing FLVCR2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

18339

8qd0

EMDB-18339, PDB-8qd0:
Cryo-EM structure of the inward-facing choline-bound FLVCR2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

19009

8r8t

EMDB-19009, PDB-8r8t:
Cryo-EM structure of the inward-facing ethanolamine-bound FLVCR1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

化合物

ChemComp-CHT:
CHOLINE ION / コリン / コリン (栄養素)

ChemComp-ETA:
ETHANOLAMINE / エタノ-ルアミン / エタノールアミン

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / MFS / choline (コリン (栄養素)) / human transporter (運搬体タンパク質) / choline transport / ethanolamine transport

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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