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タイトルNeutralization, effector function and immune imprinting of Omicron variants.
ジャーナル・号・ページNature, Vol. 621, Issue 7979, Page 592-601, Year 2023
掲載日2023年8月30日
著者Amin Addetia / Luca Piccoli / James Brett Case / Young-Jun Park / Martina Beltramello / Barbara Guarino / Ha Dang / Guilherme Dias de Melo / Dora Pinto / Kaitlin Sprouse / Suzanne M Scheaffer / Jessica Bassi / Chiara Silacci-Fregni / Francesco Muoio / Marco Dini / Lucia Vincenzetti / Rima Acosta / Daisy Johnson / Sambhavi Subramanian / Christian Saliba / Martina Giurdanella / Gloria Lombardo / Giada Leoni / Katja Culap / Carley McAlister / Anushka Rajesh / Exequiel Dellota / Jiayi Zhou / Nisar Farhat / Dana Bohan / Julia Noack / Alex Chen / Florian A Lempp / Joel Quispe / Lauriane Kergoat / Florence Larrous / Elisabetta Cameroni / Bradley Whitener / Olivier Giannini / Pietro Cippà / Alessandro Ceschi / Paolo Ferrari / Alessandra Franzetti-Pellanda / Maira Biggiogero / Christian Garzoni / Stephanie Zappi / Luca Bernasconi / Min Jeong Kim / Laura E Rosen / Gretja Schnell / Nadine Czudnochowski / Fabio Benigni / Nicholas Franko / Jennifer K Logue / Courtney Yoshiyama / Cameron Stewart / Helen Chu / Hervé Bourhy / Michael A Schmid / Lisa A Purcell / Gyorgy Snell / Antonio Lanzavecchia / Michael S Diamond / Davide Corti / David Veesler /
PubMed 要旨Currently circulating SARS-CoV-2 variants have acquired convergent mutations at hot spots in the receptor-binding domain (RBD) of the spike protein. The effects of these mutations on viral infection ...Currently circulating SARS-CoV-2 variants have acquired convergent mutations at hot spots in the receptor-binding domain (RBD) of the spike protein. The effects of these mutations on viral infection and transmission and the efficacy of vaccines and therapies remains poorly understood. Here we demonstrate that recently emerged BQ.1.1 and XBB.1.5 variants bind host ACE2 with high affinity and promote membrane fusion more efficiently than earlier Omicron variants. Structures of the BQ.1.1, XBB.1 and BN.1 RBDs bound to the fragment antigen-binding region of the S309 antibody (the parent antibody for sotrovimab) and human ACE2 explain the preservation of antibody binding through conformational selection, altered ACE2 recognition and immune evasion. We show that sotrovimab binds avidly to all Omicron variants, promotes Fc-dependent effector functions and protects mice challenged with BQ.1.1 and hamsters challenged with XBB.1.5. Vaccine-elicited human plasma antibodies cross-react with and trigger effector functions against current Omicron variants, despite a reduced neutralizing activity, suggesting a mechanism of protection against disease, exemplified by S309. Cross-reactive RBD-directed human memory B cells remained dominant even after two exposures to Omicron spikes, underscoring the role of persistent immune imprinting.
リンクNature / PubMed:37648855 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.0 - 3.2 Å
構造データ

29530

8fxb

EMDB-29530, PDB-8fxb:
SARS-CoV-2 XBB.1 spike RBD bound to the human ACE2 ectodomain and the S309 neutralizing antibody Fab fragment
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

29531

8fxc

EMDB-29531, PDB-8fxc:
SARS-CoV-2 BQ.1.1 spike RBD bound to the human ACE2 ectodomain and the S309 neutralizing antibody Fab fragment
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

40240

8s9g

EMDB-40240, PDB-8s9g:
SARS-CoV-2 BN.1 spike RBD bound to the human ACE2 ectodomain and the S309 neutralizing antibody Fab fragment
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

ChemComp-ZN:
Unknown entry

由来
  • severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
  • homo sapiens (ヒト)
  • severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS コロナウイルス)
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM (ウイルス性) / SARS-CoV-2 (SARSコロナウイルス2) / COVID-19 (新型コロナウイルス感染症 (2019年)) / XBB.1 / Spike glycoprotein (スパイクタンパク質) / Neutralizing antibodies (中和抗体) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / Inhibitor / ACE2 (アンジオテンシン変換酵素2) / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex (ウイルス性) / BQ.1.1 / VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / BN.1

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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