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タイトルRevealing the signaling of complement receptors C3aR and C5aR1 by anaphylatoxins.
ジャーナル・号・ページNat Chem Biol, Vol. 19, Issue 11, Page 1351-1360, Year 2023
掲載日2023年5月11日
著者Yue Wang / Weiyi Liu / Youwei Xu / Xinheng He / Qingning Yuan / Ping Luo / Wenjia Fan / Jingpeng Zhu / Xinyue Zhang / Xi Cheng / Yi Jiang / H Eric Xu / Youwen Zhuang /
PubMed 要旨The complement receptors C3aR and C5aR1, whose signaling is selectively activated by anaphylatoxins C3a and C5a, are important regulators of both innate and adaptive immune responses. Dysregulations ...The complement receptors C3aR and C5aR1, whose signaling is selectively activated by anaphylatoxins C3a and C5a, are important regulators of both innate and adaptive immune responses. Dysregulations of C3aR and C5aR1 signaling lead to multiple inflammatory disorders, including sepsis, asthma and acute respiratory distress syndrome. The mechanism underlying endogenous anaphylatoxin recognition and activation of C3aR and C5aR1 remains elusive. Here we reported the structures of C3a-bound C3aR and C5a-bound C5aR1 as well as an apo-C3aR structure. These structures, combined with mutagenesis analysis, reveal a conserved recognition pattern of anaphylatoxins to the complement receptors that is different from chemokine receptors, unique pocket topologies of C3aR and C5aR1 that mediate ligand selectivity, and a common mechanism of receptor activation. These results provide crucial insights into the molecular understanding of C3aR and C5aR1 signaling and structural templates for rational drug design for treating inflammation disorders.
リンクNat Chem Biol / PubMed:37169960
手法EM (単粒子)
解像度2.9 - 3.2 Å
構造データ

34842

8hk2

EMDB-34842, PDB-8hk2:
C3aR-Gi-C3a protein complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

34843

8hk3

EMDB-34843, PDB-8hk3:
C3aR-Gi-apo protein complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

34846

8hk5

EMDB-34846, PDB-8hk5:
C5aR1-Gi-C5a protein complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

化合物

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル / コレステロール

ChemComp-PLM:
PALMITIC ACID / パルミチン酸 / パルミチン酸

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • rattus norvegicus (ドブネズミ)
  • bos taurus (ウシ)
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / GPCR (Gタンパク質共役受容体) / C3aR / C3a / complement / C5aR1 / C5a

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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