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タイトルRNA-activated protein cleavage with a CRISPR-associated endopeptidase.
ジャーナル・号・ページScience, Vol. 378, Issue 6622, Page 874-881, Year 2022
掲載日2022年11月25日
著者Jonathan Strecker / F Esra Demircioglu / David Li / Guilhem Faure / Max E Wilkinson / Jonathan S Gootenberg / Omar O Abudayyeh / Hiroshi Nishimasu / Rhiannon K Macrae / Feng Zhang /
PubMed 要旨In prokaryotes, CRISPR-Cas systems provide adaptive immune responses against foreign genetic elements through RNA-guided nuclease activity. Recently, additional genes with non-nuclease functions have ...In prokaryotes, CRISPR-Cas systems provide adaptive immune responses against foreign genetic elements through RNA-guided nuclease activity. Recently, additional genes with non-nuclease functions have been found in genetic association with CRISPR systems, suggesting that there may be other RNA-guided non-nucleolytic enzymes. One such gene from encodes the TPR-CHAT protease Csx29, which is associated with the CRISPR effector Cas7-11. Here, we demonstrate that this CRISPR-associated protease (CASP) exhibits programmable RNA-activated endopeptidase activity against a sigma factor inhibitor to regulate a transcriptional response. Cryo-electron microscopy of an active and substrate-bound CASP complex reveals an allosteric activation mechanism that reorganizes Csx29 catalytic residues upon target RNA binding. This work reveals an RNA-guided function in nature that can be leveraged for RNA-sensing applications in vitro and in human cells.
リンクScience / PubMed:36423276 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.53 - 3.15 Å
構造データ

28064

8eex

EMDB-28064: Cas7-11 in complex with Csx29, focus refined on Cas7-11
PDB-8eex: Cas7-11 in complex with Csx29
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.95 Å

28065

8eey

EMDB-28065, PDB-8eey:
Cas7-11 in complex with DR-mismatched target RNA, Csx29 and Csx30
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.53 Å

EMDB-28070: Cas7-11 in complex with Csx29, focus refined on Csx29
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.15 Å

EMDB-28071: Cas7-11 in complex with DR-mismatched target RNA, Csx29 and Csx30, focus refined on Cas7-11 INS domain
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.82 Å

EMDB-28072: Cas7-11 in complex with DR-mismatched target RNA, Csx29 and Csx30, focus refined on Csx29
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.63 Å

EMDB-28073: Cas7-11 in complex with DR-mismatched target RNA, Csx29 and Csx30, focus refined on Csx29 CHAT domain and Csx30
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.72 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

由来
  • desulfonema ishimotonii (バクテリア)
  • synthetic construct (人工物)
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / CRISPR (CRISPR) / endonuclease (エンドヌクレアーゼ) / endopeptidase (エンドペプチダーゼ) / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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