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タイトルDesigning Rigid DNA Origami Templates for Molecular Visualization Using Cryo-EM.
ジャーナル・号・ページNano Lett, Vol. 24, Issue 16, Page 5031-5038, Year 2024
掲載日2024年4月11日
著者Ali Khoshouei / Georg Kempf / Volodymyr Mykhailiuk / Johanna Mariko Griessing / Maximilian Nicolas Honemann / Lukas Kater / Simone Cavadini / Hendrik Dietz /
PubMed 要旨DNA origami, a method for constructing nanostructures from DNA, offers potential for diverse scientific and technological applications due to its ability to integrate various molecular ...DNA origami, a method for constructing nanostructures from DNA, offers potential for diverse scientific and technological applications due to its ability to integrate various molecular functionalities in a programmable manner. In this study, we examined the impact of internal crossover distribution and the compositional uniformity of staple strands on the structure of multilayer DNA origami using cryogenic electron microscopy (cryo-EM) single-particle analysis. A refined DNA object was utilized as an alignment framework in a host-guest model, where we successfully resolved an 8 kDa thrombin binding aptamer (TBA) linked to the host object. Our results broaden the spectrum of DNA in structural applications.
リンクNano Lett / PubMed:38602296 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度4.9 - 8.6 Å
構造データ

EMDB-19767: Structure of a 2873 Scaffold Base DNA Origami V1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.6 Å

EMDB-19769: Structure of a 2873 Scaffold Base DNA Origami V2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.5 Å

EMDB-19770: Structure of a 2873 Scaffold Base DNA Origami V3
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.3 Å

EMDB-19775: Structure of a 1033 Scaffold Base DNA Origami Nanostructure V4 with Desalted Purified Staples
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.8 Å

EMDB-19776: Structure of a 1033 Scaffold Base DNA Origami Nanostructure V4 with HPLC Purified Staples
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.2 Å

19867

9eoq

EMDB-19867, PDB-9eoq:
Cryo-EM Structure of a 1033 Scaffold Base DNA Origami Nanostructure V4 and TBA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.5 Å

EMDB-19874: Refinement Focused on the 1st Body of a 1033 Scaffold-Based DNA Origami Nanostructure V4 with TBA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.1 Å

EMDB-19875: Refinement Focused on the 2nd Body of a 1033 Scaffold-Based DNA Origami Nanostructure V4 with TBA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.9 Å

EMDB-19876: Refinement Focused on the 3rd Body of a 1033 Scaffold-Based DNA Origami Nanostructure V4 with TBA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.1 Å

由来
  • synthetic construct (人工物)
キーワードDNA (デオキシリボ核酸) / DNA Origami (DNAオリガミ) / Multilayer / Square lattice / 1033 scaffold / TBA

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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