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Structure paper

タイトルInitial evaluation of a direct detection device detector for single particle cryo-electron microscopy.
ジャーナル・号・ページJ Struct Biol, Vol. 176, Issue 3, Page 404-408, Year 2011
掲載日2011年9月10日
著者Anna-Clare Milazzo / Anchi Cheng / Arne Moeller / Dmitry Lyumkis / Erica Jacovetty / James Polukas / Mark H Ellisman / Nguyen-Huu Xuong / Bridget Carragher / Clinton S Potter /
PubMed 要旨We report on initial results of using a new direct detection device (DDD) for single particle reconstruction of vitreous ice embedded specimens. Images were acquired on a Tecnai F20 at 200keV and a ...We report on initial results of using a new direct detection device (DDD) for single particle reconstruction of vitreous ice embedded specimens. Images were acquired on a Tecnai F20 at 200keV and a nominal magnification of 29,000×. This camera has a significantly improved signal to noise ratio and modulation transfer function (MTF) at 200keV compared to a standard CCD camera installed on the same microscope. Control of the DDD has been integrated into Leginon, an automated data collection system. Using GroEL as a test specimen, we obtained images of ∼30K particles with the CCD and the DDD from the same specimen sample using essentially identical imaging conditions. Comparison of the maps reconstructed from the CCD images and the DDD images demonstrates the improved performance of the DDD. We also obtained a 3D reconstruction from ∼70K GroEL particles acquired using the DDD; the quality of the density map demonstrates the potential of this new recording device for cryoEM data acquisition.
リンクJ Struct Biol / PubMed:21933715 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度6.1 - 7.3 Å
構造データ

EMDB-5336:
Unprocessed map of GroEL obtained with a CCD camera to compare results from cryo SPA with a DDD camera using the same grid. Initial evaluation of a Direct Detection Device detector for single particle cryo-electron microscopy.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.3 Å

EMDB-5337:
Unprocessed map of GroEL obtained with a DDD camera to compare results from cryo SPA with a CCD camera using the same grid. Initial evaluation of a Direct Detection Device detector for single particle cryo-electron microscopy.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.7 Å

EMDB-5338:
High resolution map of GroEL obtained with a DDD camera. Initial evaluation of a Direct Detection Device detector for single particle cryo-electron microscopy.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.1 Å

EMDB-5339:
Amplitude corrected and filtered map of GroEL obtained with a DDD camera to compare results from cryo SPA with a CCD camera using the same grid. Initial evaluation of a Direct Detection Device detector for single particle cryo-electron microscopy.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.7 Å

EMDB-5340:
Processed map of GroEL obtained with a CCD camera to compare results from cryo SPA with a DDD camera using the same grid. Initial evaluation of a Direct Detection Device detector for single particle cryo-electron microscopy.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.3 Å

由来
  • Escherichia coli (大腸菌)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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