[日本語] English
EMN文献
- 3DEM構造データから引用されている文献のデータベース -

+
検索条件

キーワード
著者・登録者
ジャーナル
IF

-
Structure paper

タイトルStructural basis of DNA crossover capture by DNA gyrase.
ジャーナル・号・ページScience, Vol. 384, Issue 6692, Page 227-232, Year 2024
掲載日2024年4月12日
著者Marlène Vayssières / Nils Marechal / Long Yun / Brian Lopez Duran / Naveen Kumar Murugasamy / Jonathan M Fogg / Lynn Zechiedrich / Marc Nadal / Valérie Lamour /
PubMed 要旨DNA supercoiling must be precisely regulated by topoisomerases to prevent DNA entanglement. The interaction of type IIA DNA topoisomerases with two DNA molecules, enabling the transport of one duplex ...DNA supercoiling must be precisely regulated by topoisomerases to prevent DNA entanglement. The interaction of type IIA DNA topoisomerases with two DNA molecules, enabling the transport of one duplex through the transient double-stranded break of the other, remains elusive owing to structures derived solely from single linear duplex DNAs lacking topological constraints. Using cryo-electron microscopy, we solved the structure of DNA gyrase bound to a negatively supercoiled minicircle DNA. We show how DNA gyrase captures a DNA crossover, revealing both conserved molecular grooves that accommodate the DNA helices. Together with molecular tweezer experiments, the structure shows that the DNA crossover is of positive chirality, reconciling the binding step of gyrase-mediated DNA relaxation and supercoiling in a single structure.
リンクScience / PubMed:38603484
手法EM (単粒子)
解像度2.9 - 4.2 Å
構造データ

18342

8qdx

EMDB-18342, PDB-8qdx:
E. coli DNA gyrase bound to a DNA crossover
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-18565: E. coli DNA gyrase bound to a DNA crossover
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-18566: Focused map of GyrA-CTD and T-segment DNA from the DNA crossover-gyrase complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

EMDB-18567: Focused map of GyrA-CTD from DNA crossover-gyrase complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

18603

8qqs

EMDB-18603, PDB-8qqs:
E. coli DNA gyrase bound to a linear part of a DNA minicircle
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

18605

8qqu

EMDB-18605, PDB-8qqu:
Asymetric subunit of E. coli DNA gyrase bound to a linear part of a DNA minicircle
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

由来
  • escherichia coli (大腸菌)
  • synthetic construct (人工物)
キーワードISOMERASE (異性化酵素) / DNA-protein complex / type IIA topoisomerase DNA gyrase / type IIA topoisomerase / DNA gyrase (DNAジャイレース)

+
EMN文献について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2021年10月5日: 温度感受性及び、機械刺激依存性イオンチャネルに関するノーベル賞

温度感受性及び、機械刺激依存性イオンチャネルに関するノーベル賞

  • 2021年のノーベル医学・生理学賞は、温度と触覚の受容体を発見したデビッド・ジュリアスとアーデム・パタポウティアンに共同で授与されました
  • EM Navigatorでは、両先駆者によるクライオEM構造データを見つけることができます

外部リンク:The Nobel Prize in Physiology or Medicine 2021 - NobelPrize.org / Structure data by Ardem Patapoutian / Structure data by David Julius

+
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年7月5日: テキストデータのダウンロード

テキストデータのダウンロード

EM Navigatorの以下のサービスのデータが、テキスト形式でダウンロードできるようになりました。ダウンロードしたデータをExcelなどで読み込むことができます。

ページデータフォーマット
EM Navigator 検索検索結果CSV, TSV, JSON
EM Navigator 統計情報表データCSV, TSV

関連情報:EMN検索 / EMN統計情報

-
EMN文献

3DEM構造データから引用されている文献のデータベース

  • EMDDBとPDBの3次元電子顕微鏡エントリから引用されている文献のデータベースです。
  • PubMedのデータを利用しています。

関連情報:EMDB / PDB / Q: EM Navigatorの情報源は？ / EM Navigator / 万見文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る