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Structure paper

タイトルStructure and replication cycle of a virus infecting climate-modulating alga .
ジャーナル・号・ページSci Adv, Vol. 10, Issue 15, Page eadk1954, Year 2024
掲載日2024年4月12日
著者Miroslav Homola / Carina R Büttner / Tibor Füzik / Pavel Křepelka / Radka Holbová / Jiří Nováček / Marten L Chaillet / Jakub Žák / Danyil Grybchuk / Friedrich Förster / William H Wilson / Declan C Schroeder / Pavel Plevka /
PubMed 要旨The globally distributed marine alga has cooling effect on the Earth's climate. The population density of is restricted by viruses, including virus 201 (EhV-201). Despite the impact of viruses ...The globally distributed marine alga has cooling effect on the Earth's climate. The population density of is restricted by viruses, including virus 201 (EhV-201). Despite the impact of viruses on the climate, there is limited information about their structure and replication. Here, we show that the dsDNA genome inside the EhV-201 virion is protected by an inner membrane, capsid, and outer membrane. EhV-201 virions infect by using fivefold vertices to bind to and fuse the virus' inner membrane with the cell plasma membrane. Progeny virions assemble in the cytoplasm at the surface of endoplasmic reticulum-derived membrane segments. Genome packaging initiates synchronously with the capsid assembly and completes through an aperture in the forming capsid. The genome-filled capsids acquire an outer membrane by budding into intracellular vesicles. EhV-201 infection induces a loss of surface protective layers from cells, which enables the continuous release of virions by exocytosis.
リンクSci Adv / PubMed:38598627 / PubMed Central
手法EM (サブトモグラム平均) / EM (単粒子)
解像度12.0 - 25.0 Å
構造データ

EMDB-17649: Cryo-EM structure of the Emiliania huxleyi virus 201 (EhV-201) virion vertex with a diameter of 50 nm.
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 13.0 Å

EMDB-17650: Cryo-EM structure of the Emiliania huxleyi virus 201 (EhV-201) virion vertex with a diameter of 50 nm.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-17651: Cryo-EM structure of the Emiliania huxleyi virus 201 (EhV-201) virion vertex with a diameter of 120 nm.
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 18.0 Å

19035

8rbs

EMDB-19035: Composite map of the Emiliania huxleyi virus 201 (EhV-201) symmetry expanded from cryo-EM structure of virion vertex 120 nm in diameter.
PDB-8rbs: Emiliania huxleyi virus 201 (EhV-201) asymmetrical unit of capsid proteins predicted by AlphaFold2 fitted into the cryo-EM density of EhV-201 virion composite map.
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 18.0 Å

19036

8rbt

EMDB-19036: Cryo-EM structure of the Emiliania huxleyi virus 201 (EhV-201) virion vertex with a diameter of 50 nm and a mask applied on the capsid layer.
PDB-8rbt: Emiliania huxleyi virus 201 (EhV-201) capsid proteins predicted by AlphaFold2 fitted into a cryo-EM density map of the EhV-201 virion capsid.
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 12.0 Å

由来
  • emiliania huxleyi virus 201 (ウイルス)
キーワードVIRUS (ウイルス) / cryo-EM (低温電子顕微鏡法) / subtomogram averaging / EhV-201 / enveloped virus (エンベロープ (ウイルス)) / capsid (カプシド) / major capsid protein / composite map

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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