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- EMDB-1556: Molecular Architecture of the 'stressosome', a signal transduction hub -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1556
タイトルMolecular Architecture of the 'stressosome', a signal transduction hub
マップデータTernary RsbR RsbS RsbT complex
試料
  • 試料: Ternary RsbR RsbS RsbT complex
  • タンパク質・ペプチド: Ternary RsbR RsbS RsbT 'stressosome' complex
キーワードRsbR / RsbS / Stressosome / sigmaB / RsbT / stress response (闘争・逃走反応) / bacillus (バシラス属)
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.3 Å
データ登録者Marles-Wright J / Grant T / Delumeau O / van Duinen G / Firbank SJ / Lewis PJ / Murray JW / Newman JA / Quin MB / Race PR ...Marles-Wright J / Grant T / Delumeau O / van Duinen G / Firbank SJ / Lewis PJ / Murray JW / Newman JA / Quin MB / Race PR / Rohou A / Tichelaar W / van Heel M / Lewis RJ
引用ジャーナル: Science / 年: 2008
タイトル: Molecular architecture of the "stressosome," a signal integration and transduction hub.
著者: Jon Marles-Wright / Tim Grant / Olivier Delumeau / Gijs van Duinen / Susan J Firbank / Peter J Lewis / James W Murray / Joseph A Newman / Maureen B Quin / Paul R Race / Alexis Rohou / Willem ...著者: Jon Marles-Wright / Tim Grant / Olivier Delumeau / Gijs van Duinen / Susan J Firbank / Peter J Lewis / James W Murray / Joseph A Newman / Maureen B Quin / Paul R Race / Alexis Rohou / Willem Tichelaar / Marin van Heel / Richard J Lewis /
要旨: A commonly used strategy by microorganisms to survive multiple stresses involves a signal transduction cascade that increases the expression of stress-responsive genes. Stress signals can be ...A commonly used strategy by microorganisms to survive multiple stresses involves a signal transduction cascade that increases the expression of stress-responsive genes. Stress signals can be integrated by a multiprotein signaling hub that responds to various signals to effect a single outcome. We obtained a medium-resolution cryo-electron microscopy reconstruction of the 1.8-megadalton "stressosome" from Bacillus subtilis. Fitting known crystal structures of components into this reconstruction gave a pseudoatomic structure, which had a virus capsid-like core with sensory extensions. We suggest that the different sensory extensions respond to different signals, whereas the conserved domains in the core integrate the varied signals. The architecture of the stressosome provides the potential for cooperativity, suggesting that the response could be tuned dependent on the magnitude of chemophysical insult.
履歴
登録2008年9月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2008年9月11日-
マップ公開2009年4月16日-
更新2012年10月24日-
現状2012年10月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 24
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 24
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd1556.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1556.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 11.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Ternary RsbR RsbS RsbT complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.8 Å/pix.
x 144 pix.
= 403.2 Å		2.8 Å/pix.
x 144 pix.
= 403.2 Å		2.8 Å/pix.
x 144 pix.
= 403.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.8 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル1: 14.0 / ムービー #1: 24
最小 - 最大-86.6691 - 145.227000000000004
平均 (標準偏差)-0.00000000090205 (±10.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-72-71-72
サイズ144144144
Spacing144144144
セルA=B=C: 403.2 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.82.82.8
M x/y/z144144144
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z403.200403.200403.200
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-81-81-81
NX/NY/NZ160160160
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-71-72-72
NC/NR/NS144144144
D min/max/mean-86.669145.227-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Ternary RsbR RsbS RsbT complex

全体名称: Ternary RsbR RsbS RsbT complex
要素
  • 試料: Ternary RsbR RsbS RsbT complex
  • タンパク質・ペプチド: Ternary RsbR RsbS RsbT 'stressosome' complex

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超分子 #1000: Ternary RsbR RsbS RsbT complex

超分子名称: Ternary RsbR RsbS RsbT complex / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1

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分子 #1: Ternary RsbR RsbS RsbT 'stressosome' complex

分子名称: Ternary RsbR RsbS RsbT 'stressosome' complex / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Stressosome RsbT complex / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (枯草菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

凍結凍結剤: ETHANE / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: Vitrobot

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM300FEG/HE
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
試料ステージ試料ホルダー: CM300 Stage / 試料ホルダーモデル: OTHER
撮影デジタル化 - スキャナー: NIKON SUPER COOLSCAN 9000

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: D2 (2回x2回 2面回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.3 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: IMAGIC

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原子モデル構築 1

初期モデル(PDB ID:

2bnl

,

2vy9

,

1th8

)
詳細A homology model for RsbT was constructed using 1TH8
精密化空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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