3次元電子顕微鏡データナビゲーター [English / 日本語]
Structural characterization of mRNA-tRNA translocation intermediates (50S ribosome of class2 of the six classes)
単粒子再構成法による, 12.1Å分解能
 エントリ情報 | |
| 概要 | |
| データベース名・ID | PORTEIN DATA BANK (PDB) / 3j0t |
|---|---|
| タイトル | Structural characterization of mRNA-tRNA translocation intermediates (50S ribosome of class2 of the six classes) |
| 記述子 | PROTEIN/RNA Complex |
| キーワード |  RIBOSOME, cryoelectron microscopy, molecular dynamics flexible fitting, ratchet-like rotation |
| 著者・データ登録者 | Agirrezabala, X., Liao, H., Schreiner, E., Fu, J., Ortiz-Meoz, R.F., Schulten, K., Green, R., Frank, J. |
| 日付 | 登録: 2011-12-07, 公開: 2012-03-21 |
| PDBj Mine pages |  Summary, Structural Details, Experimental Details, Functional Details |
| その他のデータベース | RCSB-PDB, PDBe, CATH, CE, FSSP, SCOP, VAST |
| 構造の表現 | |
| ムービー |  ムービーページ#1: 登録構造単位, Jmolにより作成 #2: EMマップデータ( EMDB-5361 )の単純化した表面モデルとの重ね合わせ, Jmolにより作成 #3: PDB-3j0u との合成表示, Jmolにより作成 #4: EMマップデータ( EMDB-5361 )との重ね合わせ (+ PDB-3j0u), UCSF CHIMERAにより作成 |
| 構造ビューア |  万見, jV4, Jmol,  生物学的単位 (画像, jV) |
| 関連構造データ | |
| 関連するエントリ |
Cite: 同じ文献を引用しているデータ Fit: あてはめのターゲットとして利用したマップ Split: 同じモデルを構成する分割されたデータ |
| 類似構造 (beta) |
 類似構造データの一覧  Omokageシステムについて |
 文献 | |
| 引用 - primary | |
| 文献 | Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., Vol. 109, Issue 16, Page 6094-9, Year 2012 |
|---|---|
| タイトル | Structural characterization of mRNA-tRNA translocation intermediates. |
| 著者 | Xabier Agirrezabala, Hstau Y Liao, Eduard Schreiner, Jie Fu, Rodrigo F Ortiz-Meoz, Klaus Schulten, Rachel Green, Joachim Frank Structural Biology Unit, CIC-bioGUNE, Bizkaia Technology Park, Derio 48160, Basque Country, Spain. |
| キーワード | Binding Sites, Cryoelectron Microscopy, Crystallography, X-Ray, Escherichia coli (genetics), Macromolecular Substances (chemistry), Models, Molecular, Molecular Conformation, Protein Biosynthesis, RNA, Messenger (genetics), RNA, Transfer (genetics, 9014-25-9), Ribosomes (metabolism), Thermodynamics |
| リンク | DOI: 10.1073/pnas.1201288109, PubMed: 22467828, PMC: PMC3340995 |
 構成要素 | |
| ID 1 : 5S ribosomal RNA | |
| 画像 |   |
|---|---|
| 分子量 | 38790.309 Da |
| 説明 | 5S ribosomal RNA |
| 分子の数 | 1 |
| タイプ | polymer |
| 由来 | 手法: Isolated from a natural source NCBI taxonomy: ID:562名称: Escherichia coli
|
| リンク | GenBank: 33357928, Sequence view |
| ID 2 : 23S ribosomal RNA | |
| 画像 |   |
| 分子量 | 941814.875 Da |
| 説明 | 23S ribosomal RNA |
| 分子の数 | 1 |
| タイプ | polymer |
| 由来 | 手法: Isolated from a natural source NCBI taxonomy: ID:562名称: Escherichia coli |
| リンク | GenBank: 33357927, Sequence view |
| ID 3 : 50S ribosomal protein L1 | |
| 画像 |   |
| 分子量 | 24765.834 Da |
| 説明 | 50S ribosomal protein L1 |
| 分子の数 | 1 |
| タイプ | polymer |
| 由来 | 手法: Isolated from a natural source NCBI taxonomy: ID:2285名称: Sulfolobus acidocaldarius |
| リンク | UniProt: P0A7L0, Sequence view |
| ID 4 : 50S ribosomal protein L2 | |
| 画像 |   |
| 分子量 | 29792.650 Da |
| 説明 | 50S ribosomal protein L2 |
| 分子の数 | 1 |
| タイプ | polymer |
| 由来 | 手法: Isolated from a natural source NCBI taxonomy: ID:562名称: Escherichia coli |
| リンク | UniProt: P60422, Sequence view |
| ID 5 : 50S ribosomal protein L3 | |
| 画像 |   |
| 分子量 | 22277.709 Da |
| 説明 | 50S ribosomal protein L3 |
| 分子の数 | 1 |
| タイプ | polymer |
| 由来 | 手法: Isolated from a natural source NCBI taxonomy: ID:562名称: Escherichia coli |
| リンク | UniProt: P60438, Sequence view |
| ID 6 : 50S ribosomal protein L4 | |
| 画像 |   |
| 分子量 | 22121.723 Da |
| 説明 | 50S ribosomal protein L4 |
| 分子の数 | 1 |
| タイプ | polymer |
| 由来 | 手法: Isolated from a natural source NCBI taxonomy: ID:562名称: Escherichia coli |
| リンク | UniProt: P60723, Sequence view |
| ID 7 : 50S ribosomal protein L5 | |
| 画像 |   |
| 分子量 | 20202.566 Da |
| 説明 | 50S ribosomal protein L5 |
| 分子の数 | 1 |
| タイプ | polymer |
| 由来 | 手法: Isolated from a natural source NCBI taxonomy: ID:562名称: Escherichia coli |
| リンク | UniProt: P62399, Sequence view |
| ID 8 : 50S ribosomal protein L6 | |
| 画像 |   |
| 分子量 | 18801.766 Da |
| 説明 | 50S ribosomal protein L6 |
| 分子の数 | 1 |
| タイプ | polymer |
| 由来 | 手法: Isolated from a natural source NCBI taxonomy: ID:562名称: Escherichia coli |
| リンク | UniProt: P0AG55, Sequence view |
| ID 9 : 50S ribosomal protein L9 | |
| 画像 |   |
| 分子量 | 15789.174 Da |
| 説明 | 50S ribosomal protein L9 |
| 分子の数 | 1 |
| タイプ | polymer |
| 由来 | 手法: Isolated from a natural source NCBI taxonomy: ID:562名称: Escherichia coli |
| リンク | UniProt: P0A7R1, Sequence view |
| ID 10 : 50S ribosomal protein L10 | |
| 画像 |   |
| 分子量 | 17605.537 Da |
| 説明 | 50S ribosomal protein L10 |
| 分子の数 | 1 |
| タイプ | polymer |
| 由来 | 手法: Isolated from a natural source NCBI taxonomy: ID:2285名称: Sulfolobus acidocaldarius |
| リンク | UniProt: P0A7J3, Sequence view |
| ID 11 : 50S ribosomal protein L11 | |
| 画像 |   |
| 分子量 | 14763.286 Da |
| 説明 | 50S ribosomal protein L11 |
| 分子の数 | 1 |
| タイプ | polymer |
| 由来 | 手法: Isolated from a natural source NCBI taxonomy: ID:562名称: Escherichia coli |
| リンク | UniProt: P0A7J7, Sequence view |
| ID 12 : 50S ribosomal protein L13 | |
| 画像 |   |
| 分子量 | 16050.749 Da |
| 説明 | 50S ribosomal protein L13 |
| 分子の数 | 1 |
| タイプ | polymer |
| 由来 | 手法: Isolated from a natural source NCBI taxonomy: ID:562名称: Escherichia coli |
| リンク | UniProt: P0AA10, Sequence view |
| ID 13 : 50S ribosomal protein L14 | |
| 画像 |   |
| 分子量 | 13565.172 Da |
| 説明 | 50S ribosomal protein L14 |
| 分子の数 | 1 |
| タイプ | polymer |
| 由来 | 手法: Isolated from a natural source NCBI taxonomy: ID:562名称: Escherichia coli |
| リンク | UniProt: P0ADY3, Sequence view |
| ID 14 : 50S ribosomal protein L15 | |
| 画像 |   |
| 分子量 | 15008.598 Da |
| 説明 | 50S ribosomal protein L15 |
| 分子の数 | 1 |
| タイプ | polymer |
| 由来 | 手法: Isolated from a natural source NCBI taxonomy: ID:562名称: Escherichia coli |
| リンク | UniProt: P02413, Sequence view |
| ID 15 : 50S ribosomal protein L16 | |
| 画像 |   |
| 分子量 | 15312.394 Da |
| 説明 | 50S ribosomal protein L16 |
| 分子の数 | 1 |
| タイプ | polymer |
| 由来 | 手法: Isolated from a natural source NCBI taxonomy: ID:562名称: Escherichia coli |
| リンク | UniProt: P0ADY7, Sequence view |
| ID 16 : 50S ribosomal protein L17 | |
| 画像 |   |
| 分子量 | 14393.774 Da |
| 説明 | 50S ribosomal protein L17 |
| 分子の数 | 1 |
| タイプ | polymer |
| 由来 | 手法: Isolated from a natural source NCBI taxonomy: ID:562名称: Escherichia coli |
| リンク | UniProt: P0AG44, Sequence view |
| ID 17 : 50S ribosomal protein L18 | |
| 画像 |   |
| 分子量 | 12794.793 Da |
| 説明 | 50S ribosomal protein L18 |
| 分子の数 | 1 |
| タイプ | polymer |
| 由来 | 手法: Isolated from a natural source NCBI taxonomy: ID:562名称: Escherichia coli |
| リンク | UniProt: P0C018, Sequence view |
| ID 18 : 50S ribosomal protein L19 | |
| 画像 |   |
| 分子量 | 13028.207 Da |
| 説明 | 50S ribosomal protein L19 |
| 分子の数 | 1 |
| タイプ | polymer |
| 由来 | 手法: Isolated from a natural source NCBI taxonomy: ID:562名称: Escherichia coli |
| リンク | UniProt: P0A7K6, Sequence view |
| ID 19 : 50S ribosomal protein L20 | |
| 画像 |   |
| 分子量 | 13396.962 Da |
| 説明 | 50S ribosomal protein L20 |
| 分子の数 | 1 |
| タイプ | polymer |
| 由来 | 手法: Isolated from a natural source NCBI taxonomy: ID:562名称: Escherichia coli |
| リンク | UniProt: P0A7L3, Sequence view |
| ID 20 : 50S ribosomal protein L21 | |
| 画像 |   |
| 分子量 | 11586.485 Da |
| 説明 | 50S ribosomal protein L21 |
| 分子の数 | 1 |
| タイプ | polymer |
| 由来 | 手法: Isolated from a natural source NCBI taxonomy: ID:562名称: Escherichia coli |
| リンク | UniProt: P0AG48, Sequence view |
| ID 21 : 50S ribosomal protein L22 | |
| 画像 |   |
| 分子量 | 12253.464 Da |
| 説明 | 50S ribosomal protein L22 |
| 分子の数 | 1 |
| タイプ | polymer |
| 由来 | 手法: Isolated from a natural source NCBI taxonomy: ID:562名称: Escherichia coli |
| リンク | UniProt: P61175, Sequence view |
| ID 22 : 50S ribosomal protein L23 | |
| 画像 |   |
| 分子量 | 11222.270 Da |
| 説明 | 50S ribosomal protein L23 |
| 分子の数 | 1 |
| タイプ | polymer |
| 由来 | 手法: Isolated from a natural source NCBI taxonomy: ID:562名称: Escherichia coli |
| リンク | UniProt: P0ADZ0, Sequence view |
| ID 23 : 50S ribosomal protein L24 | |
| 画像 |   |
| 分子量 | 11208.169 Da |
| 説明 | 50S ribosomal protein L24 |
| 分子の数 | 1 |
| タイプ | polymer |
| 由来 | 手法: Isolated from a natural source NCBI taxonomy: ID:562名称: Escherichia coli |
| リンク | UniProt: P60624, Sequence view |
| ID 24 : 50S ribosomal protein L25 | |
| 画像 |   |
| 分子量 | 10713.566 Da |
| 説明 | 50S ribosomal protein L25 |
| 分子の数 | 1 |
| タイプ | polymer |
| 由来 | 手法: Isolated from a natural source NCBI taxonomy: ID:562名称: Escherichia coli |
| リンク | UniProt: P68919, Sequence view |
| ID 25 : 50S ribosomal protein L27 | |
| 画像 |   |
| 分子量 | 9015.426 Da |
| 説明 | 50S ribosomal protein L27 |
| 分子の数 | 1 |
| タイプ | polymer |
| 由来 | 手法: Isolated from a natural source NCBI taxonomy: ID:562名称: Escherichia coli |
| リンク | UniProt: P0A7L8, Sequence view |
| ID 26 : 50S ribosomal protein L28 | |
| 画像 |   |
| 分子量 | 8896.435 Da |
| 説明 | 50S ribosomal protein L28 |
| 分子の数 | 1 |
| タイプ | polymer |
| 由来 | 手法: Isolated from a natural source NCBI taxonomy: ID:562名称: Escherichia coli |
| リンク | UniProt: P0A7M2, Sequence view |
| ID 27 : 50S ribosomal protein L29 | |
| 画像 |   |
| 分子量 | 7286.531 Da |
| 説明 | 50S ribosomal protein L29 |
| 分子の数 | 1 |
| タイプ | polymer |
| 由来 | 手法: Isolated from a natural source NCBI taxonomy: ID:562名称: Escherichia coli |
| リンク | UniProt: P0A7M6, Sequence view |
| ID 28 : 50S ribosomal protein L30 | |
| 画像 |   |
| 分子量 | 6423.682 Da |
| 説明 | 50S ribosomal protein L30 |
| 分子の数 | 1 |
| タイプ | polymer |
| 由来 | 手法: Isolated from a natural source NCBI taxonomy: ID:562名称: Escherichia coli |
| リンク | UniProt: P0AG51, Sequence view |
| ID 29 : 50S ribosomal protein L31 | |
| 画像 |   |
| 分子量 | 7887.165 Da |
| 説明 | 50S ribosomal protein L31 |
| 分子の数 | 1 |
| タイプ | polymer |
| 由来 | 手法: Isolated from a natural source NCBI taxonomy: ID:562名称: Escherichia coli |
| リンク | UniProt: P0A7M9, Sequence view |
| ID 30 : 50S ribosomal protein L32 | |
| 画像 |   |
| 分子量 | 6332.307 Da |
| 説明 | 50S ribosomal protein L32 |
| 分子の数 | 1 |
| タイプ | polymer |
| 由来 | 手法: Isolated from a natural source NCBI taxonomy: ID:562名称: Escherichia coli |
| リンク | UniProt: P0A7N4, Sequence view |
| ID 31 : 50S ribosomal protein L33 | |
| 画像 |   |
| 分子量 | 6257.510 Da |
| 説明 | 50S ribosomal protein L33 |
| 分子の数 | 1 |
| タイプ | polymer |
| 由来 | 手法: Isolated from a natural source NCBI taxonomy: ID:562名称: Escherichia coli |
| リンク | UniProt: P0A7N9, Sequence view |
| ID 32 : 50S ribosomal protein L34 | |
| 画像 |   |
| 分子量 | 5397.506 Da |
| 説明 | 50S ribosomal protein L34 |
| 分子の数 | 1 |
| タイプ | polymer |
| 由来 | 手法: Isolated from a natural source NCBI taxonomy: ID:562名称: Escherichia coli |
| リンク | UniProt: P0A7P5, Sequence view |
| ID 33 : 50S ribosomal protein L35 | |
| 画像 |   |
| 分子量 | 7181.907 Da |
| 説明 | 50S ribosomal protein L35 |
| 分子の数 | 1 |
| タイプ | polymer |
| 由来 | 手法: Isolated from a natural source NCBI taxonomy: ID:562名称: Escherichia coli |
| リンク | UniProt: P0A7Q1, Sequence view |
| ID 34 : 50S ribosomal protein L36 | |
| 画像 |   |
| 分子量 | 4377.415 Da |
| 説明 | 50S ribosomal protein L36 |
| 分子の数 | 1 |
| タイプ | polymer |
| 由来 | 手法: Isolated from a natural source NCBI taxonomy: ID:562名称: Escherichia coli |
| リンク | UniProt: P0A7Q6, Sequence view |
 試料 | |
| 集合体 | |
| 試料の集合状態 | PARTICLE |
|---|---|
| 分子量測定の手法 | 2.8 |
| 分子量（理論値） | 2.8 |
| 名称 | Trp-tRNA-EFTu-GDP-kir-70S ribosome |
| 要素の数 | 3 |
| 構成単位・集合体 | |
| 詳細 | with A and P site tRNAs |
| 名称 | 70S ribosome |
| タイプ | RIBOSOME |
| 緩衝液 | |
| 名称 | HiFi buffer (50 mM Tris-HCl, pH 7.5, 70mM NH4Cl, 30 mM KCl, 3.5 mM MgCl2, 0.5 mM spermidine, 8mM putrescine, 2 mM DTT, 3.5 mM MgCl2) |
| 実験 | |
| 3次元再構成法 | SINGLE PARTICLE |
| 電子顕微鏡試料のタイプ | VITREOUS ICE (CRYO EM) |
| 試料調製 | |
| pH | 7.5 |
| 試料の濃度 | 0.03 mg/ml |
| 試料・支持膜 | |
| 詳細 | 200 mesh |
| Grid mesh size | 200 |
| 急速凍結 | |
| 凍結剤 | NITROGEN |
| 詳細 | Blot for 3 seconds, plunge into liquid nitrogen (Vitrobot) |
| 湿度 | 90 |
| 装置 | Vitrobot |
| 手法 | blot for 3 seconds |
| 温度 | 80 Kelvin |
 電子顕微鏡 | |
| 撮影 | |
| 顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI F30 |
|---|---|
| 日付 | 2011-05-01 |
| 詳細 | automated data collection system AutoEMation (CCD mag. 100000x) |
| 電子銃 | |
| 電子線源 | FIELD EMISSION GUN |
| 加速電圧 | 300 kV |
| 電子線照射量 | 25 e/A**2 |
| 照射モード | FLOODBEAM |
| レンズ | |
| モード | BRIGHTFIELD |
| 倍率 | 実測値: 58269 X, 公称値: 59000 X |
| Cs | 公称値: 2.26 mm |
| デフォーカス（公称値） | 最大値: 4000 nm, 最小値: 1200 nm |
| エネルギーフィルタ | none |
| 試料ホルダ | |
| 試料ホルダ | モデル: OTHER, タイプ: cartridge |
| 温度 | 80.7 Kelvin |
| 撮影時の温度 | 最大値: 80.7, 最小値: 80.7 |
| ディテクター | |
| タイプ | TVIPS TemCam-F415 (CCD) |
 解析 | |
| 投影像の選択・粒子像の拾い上げ | |
| 粒子像の数 | 36000 |
|---|---|
| ソフトウェア | MDFF |
| 単粒子 | |
| 対称性のタイプ | ASYMMETRIC |
| 3次元再構成 | |
| ピクセルサイズ（実際の値） | 1.5 A/pix |
| CTF補正方法 | Volumes were CTF-corrected in defocus groups |
| 倍率補正 | 50000 |
| 粒子像の数 | 36204 |
| 分解能 | 12.1 A |
| 分解能の評価方法 | FSC at 0.5 cut-off |
| ソフトウェア | SPIDER |
| 3次元あてはめ | |
| 精密化のプロトコル | Molecular Dynamics based flexible fitting |
| 精密化に使用した空間 | REAL |
| ソフトウェア | MDFF |
| 当てはまり具合の基準 | RMSD, cross correlation |
| 3次元あてはめリスト | |
| PDB-ID | 2I2V |
| 3次元あてはめリスト | |
| PDB-ID | 1MZP |
| 3次元あてはめリスト | |
| PDB-ID | 1ZAV |
| 精密化 | |
| 合計 | 94789 |
| 核酸原子 | 64917 |
| タンパク質原子 | 29872 |
トップ
ギャラリー
リスト
分布図
統計情報
解説
PDBj
EM Navigator
詳細ページ - PDB-3j0t
ダウンロード
お問い合わせ