PDB-1p85: リボソーム50Sサブユニット - E. coli（大腸菌）由来 70SリボソームのEF-G（伸長因子G）（伸長...

エントリ情報
概要
データベース名・ID	PORTEIN DATA BANK (PDB) / 1p85
タイトル	Real space refined coordinates of the 50S subunit fitted into the low resolution cryo-EM map of the EF-G.GTP state of E. coli 70S ribosome リボソーム50Sサブユニット - E. coli（大腸菌）由来 70SリボソームのEF-G（伸長因子G）（伸長因子G）・GTP状態の低分解能の低温電子顕微鏡マップへ当てはめ、実空間精密化処理したもの
記述子	50S Ribosomal Subunit
キーワード	RIBOSOME, EF-G.GTP-bound state, ratchet-like movement, real-space refinement
著者・データ登録者	Gao, H., Sengupta, J., Valle, M., Korostelev, A, Eswar, N., Stagg, S.M., Van Roey, P., Agrawal, R.K., Harvey, S.T., Sali, A., Chapman, M.S., Frank, J.
日付	Deposition: 2003-05-06, Release: 2003-06-17
PDBj Mine pages	Summary, Structural Details, Experimental Details, Functional Details
その他のデータベース	RCSB-PDB, PDBe, CATH, CE, FSSP, SCOP, VAST
構造の表現
ムービー	ムービーページ #1: 登録構造単位, Jmolにより作成 #2: PDB-1p6g との合成表示, Jmolにより作成 #3: PDB- との合成表示, Jmolにより作成
構造ビューア	万見, jV4, Jmol, 生物学的単位 (画像, jV)
関連構造データ
関連するエントリ	PDB-1p6g CiteSplit PDB-1p86 Cite PDB-1p87 Cite PDB-1gix PDB-1giy PDB-1ibl PDB-1jj2 PDB-1lnr PDB-1m5g PDB-1zn1 PDB-2j28 PDB-2j37 PDB-2vrh PDB-2wwq Cite: 同じ文献を引用しているデータ Split: 同じモデルを構成する分割されたデータ
類似構造 (beta)	分布図 PDB-1p86 EMDB-1019 PDB-4adx PDB-1c2w EMDB-1430 PDB-3j37 類似構造データの一覧 Omokageシステムについて

文献
引用 - primary
文献	Cell, Vol. 113, Issue 6, Page 789-801, Year 2003
タイトル	Study of the structural dynamics of the E coli 70S ribosome using real-space refinement.
著者	Haixiao Gao, Jayati Sengupta, Mikel Valle, Andrei Korostelev, Narayanan Eswar, Scott M Stagg, Patrick Van Roey, Rajendra K Agrawal, Stephen C Harvey, Andrej Sali, Michael S Chapman, Joachim Frank Howard Hughes Medical Institute, Health Research, Inc, Empire State Plaza, Albany, NY 12201, USA.
キーワード	Bacterial Proteins (chemistry), Escherichia coli (genetics), Macromolecular Substances, Models, Molecular, Molecular Conformation, Molecular Weight, Protein Biosynthesis (physiology), Protein Structure, Quaternary (physiology), Protein Structure, Tertiary (physiology), RNA (chemistry, 63231-63-0), Ribosomal Proteins (chemistry), Ribosomes (chemistry)
リンク	PubMed: 12809609, PII: S0092867403004276
引用 - 1
文献	Cell(Cambridge,Mass.), Vol. 100, Page: 537 - 549, Year: 2000,
タイトル	Solution structure of the E. coli 70S ribosome at 11.5 A resolution
著者・データ登録者	Gabashvili, I.S., Agrawal, R.K., Spahn, C.M.T., Grassucci, R., Svergun, D.I., Frank, J., Penczek, P.
引用 - 2
文献	Nature, Vol. 406, Page: 318 - 322, Year: 2000,
タイトル	A ratchet-like inter-subunit reorganization of the ribosome during translocation
著者・データ登録者	Frank, J., Agrawal, R.K.

構成要素
ID 1 : 23S ribosomal RNA
画像
説明	23S ribosomal RNA
タイプ	polyribonucleotide
分子量	941613.688 Da
分子の数	1
ID	1
由来	手法: Isolated from a natural source Genus: Escherichia NCBI taxonomy: ID:562 Organism scientific: Escherichia coli Strain: MRE 600
リンク	GenBank: 2073407, Sequence view
ID 2 : 5S ribosomal RNA
画像
説明	5S ribosomal RNA
タイプ	polyribonucleotide
分子量	38790.309 Da
分子の数	1
ID	2
由来	手法: Isolated from a natural source Genus: Escherichia NCBI taxonomy: ID:562 Organism scientific: Escherichia coli Strain: MRE 600
リンク	GenBank: 42753, Sequence view
ID 3 : 50S ribosomal protein L2
画像
説明	50S ribosomal protein L2
タイプ	polypeptide(L)
分子量	29792.650 Da
分子の数	1
ID	3
由来	手法: Isolated from a natural source Genus: Escherichia NCBI taxonomy: ID:562 Organism scientific: Escherichia coli Strain: MRE 600
リンク	UniProt: P60422, Sequence view
ID 4 : 50S ribosomal protein L3
画像
説明	50S ribosomal protein L3
タイプ	polypeptide(L)
分子量	22277.709 Da
分子の数	1
ID	4
由来	手法: Isolated from a natural source Genus: Escherichia NCBI taxonomy: ID:562 Organism scientific: Escherichia coli Strain: MRE 600
リンク	UniProt: P60438, Sequence view
ID 5 : 50S ribosomal protein L4
画像
説明	50S ribosomal protein L4
タイプ	polypeptide(L)
分子量	22121.723 Da
分子の数	1
ID	5
由来	手法: Isolated from a natural source Genus: Escherichia NCBI taxonomy: ID:562 Organism scientific: Escherichia coli Strain: MRE 600
リンク	UniProt: P60723, Sequence view
ID 6 : 50S ribosomal protein L5
画像
説明	50S ribosomal protein L5
タイプ	polypeptide(L)
分子量	20202.566 Da
分子の数	1
ID	6
由来	手法: Isolated from a natural source Genus: Escherichia NCBI taxonomy: ID:562 Organism scientific: Escherichia coli Strain: MRE 600
リンク	UniProt: P62399, Sequence view
ID 7 : 50S ribosomal protein L6
画像
説明	50S ribosomal protein L6
タイプ	polypeptide(L)
分子量	18801.766 Da
分子の数	1
ID	7
由来	手法: Isolated from a natural source Genus: Escherichia NCBI taxonomy: ID:562 Organism scientific: Escherichia coli Strain: MRE 600
リンク	UniProt: P02390, Sequence view
ID 8 : 50S ribosomal protein L9
画像
説明	50S ribosomal protein L9
タイプ	polypeptide(L)
分子量	15789.174 Da
分子の数	1
ID	8
由来	手法: Isolated from a natural source Genus: Escherichia NCBI taxonomy: ID:562 Organism scientific: Escherichia coli Strain: MRE 600
リンク	UniProt: P0A7R1, Sequence view
ID 9 : 50S ribosomal protein L11
画像
説明	50S ribosomal protein L11
タイプ	polypeptide(L)
分子量	14763.286 Da
分子の数	1
ID	9
由来	手法: Isolated from a natural source Genus: Escherichia NCBI taxonomy: ID:562 Organism scientific: Escherichia coli Strain: MRE 600
リンク	UniProt: P0A7J7, Sequence view
ID 10 : 50S ribosomal protein L13
画像
説明	50S ribosomal protein L13
タイプ	polypeptide(L)
分子量	16050.749 Da
分子の数	1
ID	10
由来	手法: Isolated from a natural source Genus: Escherichia NCBI taxonomy: ID:562 Organism scientific: Escherichia coli Strain: MRE 600
リンク	UniProt: P0AA10, Sequence view
ID 11 : 50S ribosomal protein L14
画像
説明	50S ribosomal protein L14
タイプ	polypeptide(L)
分子量	13565.172 Da
分子の数	1
ID	11
由来	手法: Isolated from a natural source Genus: Escherichia NCBI taxonomy: ID:562 Organism scientific: Escherichia coli Strain: MRE 600
リンク	UniProt: P02411, Sequence view
ID 12 : 50S ribosomal protein L15
画像
説明	50S ribosomal protein L15
タイプ	polypeptide(L)
分子量	15008.598 Da
分子の数	1
ID	12
由来	手法: Isolated from a natural source Genus: Escherichia NCBI taxonomy: ID:562 Organism scientific: Escherichia coli Strain: MRE 600
リンク	UniProt: P02413, Sequence view
ID 13 : 50S ribosomal protein L16
画像
説明	50S ribosomal protein L16
タイプ	polypeptide(L)
分子量	15312.394 Da
分子の数	1
ID	13
由来	手法: Isolated from a natural source Genus: Escherichia NCBI taxonomy: ID:562 Organism scientific: Escherichia coli Strain: MRE 600
リンク	UniProt: P02414, Sequence view
ID 14 : 50S ribosomal protein L17
画像
説明	50S ribosomal protein L17
タイプ	polypeptide(L)
分子量	14393.774 Da
分子の数	1
ID	14
由来	手法: Isolated from a natural source Genus: Escherichia NCBI taxonomy: ID:562 Organism scientific: Escherichia coli Strain: MRE 600
リンク	UniProt: P02416, Sequence view
ID 15 : 50S ribosomal protein L18
画像
説明	50S ribosomal protein L18
タイプ	polypeptide(L)
分子量	12794.793 Da
分子の数	1
ID	15
由来	手法: Isolated from a natural source Genus: Escherichia NCBI taxonomy: ID:562 Organism scientific: Escherichia coli Strain: MRE 600
リンク	UniProt: P0C018, Sequence view
ID 16 : 50S ribosomal protein L19
画像
説明	50S ribosomal protein L19
タイプ	polypeptide(L)
分子量	13028.207 Da
分子の数	1
ID	16
由来	手法: Isolated from a natural source Genus: Escherichia NCBI taxonomy: ID:562 Organism scientific: Escherichia coli Strain: MRE 600
リンク	UniProt: P0A7K6, Sequence view
ID 17 : 50S ribosomal protein L20
画像
説明	50S ribosomal protein L20
タイプ	polypeptide(L)
分子量	13396.962 Da
分子の数	1
ID	17
由来	手法: Isolated from a natural source Genus: Escherichia NCBI taxonomy: ID:562 Organism scientific: Escherichia coli Strain: MRE 600
リンク	UniProt: P0A7L3, Sequence view
ID 18 : 50S ribosomal protein L22
画像
説明	50S ribosomal protein L22
タイプ	polypeptide(L)
分子量	12253.464 Da
分子の数	1
ID	18
由来	手法: Isolated from a natural source Genus: Escherichia NCBI taxonomy: ID:562 Organism scientific: Escherichia coli Strain: MRE 600
リンク	UniProt: P61175, Sequence view
ID 19 : 50S ribosomal protein L23
画像
説明	50S ribosomal protein L23
タイプ	polypeptide(L)
分子量	11222.270 Da
分子の数	1
ID	19
由来	手法: Isolated from a natural source Genus: Escherichia NCBI taxonomy: ID:562 Organism scientific: Escherichia coli Strain: MRE 600
リンク	UniProt: P02424, Sequence view
ID 20 : 50S ribosomal protein L24
画像
説明	50S ribosomal protein L24
タイプ	polypeptide(L)
分子量	11208.169 Da
分子の数	1
ID	20
由来	手法: Isolated from a natural source Genus: Escherichia NCBI taxonomy: ID:562 Organism scientific: Escherichia coli Strain: MRE 600
リンク	UniProt: P60624, Sequence view
ID 21 : 50S ribosomal protein L25
画像
説明	50S ribosomal protein L25
タイプ	polypeptide(L)
分子量	10713.566 Da
分子の数	1
ID	21
由来	手法: Isolated from a natural source Genus: Escherichia NCBI taxonomy: ID:562 Organism scientific: Escherichia coli Strain: MRE 600
リンク	UniProt: P68919, Sequence view
ID 22 : 50S ribosomal protein L27
画像
説明	50S ribosomal protein L27
タイプ	polypeptide(L)
分子量	9015.426 Da
分子の数	1
ID	22
由来	手法: Isolated from a natural source Genus: Escherichia NCBI taxonomy: ID:562 Organism scientific: Escherichia coli Strain: MRE 600
リンク	UniProt: P0A7L8, Sequence view
ID 23 : 50S ribosomal protein L29
画像
説明	50S ribosomal protein L29
タイプ	polypeptide(L)
分子量	7286.531 Da
分子の数	1
ID	23
由来	手法: Isolated from a natural source Genus: Escherichia NCBI taxonomy: ID:562 Organism scientific: Escherichia coli Strain: MRE 600
リンク	UniProt: P0A7M6, Sequence view
ID 24 : 50S ribosomal protein L30
画像
説明	50S ribosomal protein L30
タイプ	polypeptide(L)
分子量	6423.682 Da
分子の数	1
ID	24
由来	手法: Isolated from a natural source Genus: Escherichia NCBI taxonomy: ID:562 Organism scientific: Escherichia coli Strain: MRE 600
リンク	UniProt: P02430, Sequence view
ID 25 : 50S ribosomal protein L32
画像
説明	50S ribosomal protein L32
タイプ	polypeptide(L)
分子量	6332.307 Da
分子の数	1
ID	25
由来	手法: Isolated from a natural source Genus: Escherichia NCBI taxonomy: ID:562 Organism scientific: Escherichia coli Strain: MRE 600
リンク	UniProt: P0A7N4, Sequence view
ID 26 : 50S ribosomal protein L33
画像
説明	50S ribosomal protein L33
タイプ	polypeptide(L)
分子量	6257.510 Da
分子の数	1
ID	26
由来	手法: Isolated from a natural source Genus: Escherichia NCBI taxonomy: ID:562 Organism scientific: Escherichia coli Strain: MRE 600
リンク	UniProt: P0A7N9, Sequence view
ID 27 : 50S ribosomal protein L36
画像
説明	50S ribosomal protein L36
タイプ	polypeptide(L)
分子量	4377.415 Da
分子の数	1
ID	27
由来	手法: Isolated from a natural source Genus: Escherichia NCBI taxonomy: ID:562 Organism scientific: Escherichia coli Strain: MRE 600
リンク	UniProt: P0A7Q6, Sequence view

試料
集合体
試料の集合状態	PARTICLE
名称	E. coli 70S ribosome -EF-G.GTP complex
緩衝液
名称	Tris
実験
3次元再構成法	SINGLE PARTICLE
電子顕微鏡試料のタイプ	VITREOUS ICE (CRYO EM)
試料調製
pH	7.5
試料の濃度	32 mg/ml
急速凍結
詳細	Rapid-freezing in liquid ethane
実験
手法	ELECTRON MICROSCOPY

電子顕微鏡
撮影
顕微鏡	モデル: FEI TECNAI F20
日付	2001-01-15
電子銃
電子線源	FIELD EMISSION GUN
加速電圧	200 kV
電子線照射量	2000 e/A**2
照射モード	FLOOD BEAM
レンズ
モード	BRIGHT FIELD
倍率	実測値: 49696 X, 公称値: 50000 X
Cs	公称値: 2.0 mm
デフォーカス（公称値）	最大値: 4000 nm, 最小値: 2000 nm
試料ホルダ
傾斜角	最小値: 0 degrees, 最大値: 0 degrees
温度	93 Kelvin
ディテクター
タイプ	KODAK SO163 FILM

解析
投影像の選択・粒子像の拾い上げ
ソフトウェア	RSRef, TNT
単粒子
対称性のタイプ	ASYMMETRIC
3次元再構成
ピクセルサイズ（実際の値）	2.82 A/pix
CTF補正方法	CTF correction of 3D-maps
詳細	SPIDER package
倍率補正	TMV
手法	Reference based alignment
ピクセルサイズ（公称値）	2.80 A/pix
分解能	12.3 A
3次元あてはめ
手法	auto
精密化のプロトコル	Multi-rigid body, real-space refinement
精密化に使用した空間	REAL
ソフトウェア	RSRef, TNT
当てはまり具合の基準	cross-correlation coefficient, real space R factor
3次元あてはめリスト
3D fitting id	1
PDB-ID	1IBL, 1FJG, 1FFK, 1JJ2, 1LNR, 1GIY PDB-1ibl PDB-1fjg PDB-1ffk PDB-1jj2 PDB-1lnr PDB-1giy
精密化
Cycle id	LAST
Refine id	ELECTRON MICROSCOPY
合計	5261
核酸原子	2644
タンパク質原子	2617