EMDB-5242: B. subtilis RNase P RNA Specificity domain folding int...

エントリ情報
概要
データベース名・ID	EM DATA BANK (EMDB) / 5242
著者・データ登録者	Baird NJ, Ludtke SJ, Khant H, Chiu W, Pan T, Sosnick TR
EMDBのサイト	EMDB @PDBe (EU), EMDB @RCSB (USA)
構造の表現
ムービー	ムービーページ #1: 表面図（断面を密度値に従い着色）, 表面レベル: 0.0623, UCSF CHIMERAにより作成 #2: 表面図（半径に従い着色）, 表面レベル: 0.0623, UCSF CHIMERAにより作成
添付画像	EMDB登録画像
構造ビューア	万見, PeppeRを起動 (PeppeRの解説), Volume viewer (RCSB, PDBe)
関連構造データ
関連するエントリ	EMDB-5243 Cite Cite: 同じ文献を引用しているデータ
類似構造 (beta)	分布図 PDB-1c2x PDB-1pn6 PDB-1kvp 類似構造データの一覧 Omokageシステムについて

文献
引用 - Primary
文献	J. Am. Chem. Soc., Vol. 132, Issue 46, Page 16352-3, Year 2010
タイトル	Discrete structure of an RNA folding intermediate revealed by cryo-electron microscopy.
著者	Nathan J Baird, Steven J Ludtke, Htet Khant, Wah Chiu, Tao Pan, Tobin R Sosnick Department of Biochemistry and Molecular Biology, University of Chicago, Chicago, Illinois 60637, United States.
キーワード	Amino Acid Sequence, Bacillus (enzymology), Circular Dichroism, Cryoelectron Microscopy, Models, Molecular, Molecular Sequence Data, Ribonuclease P (chemistry, 3.1.26.5)
リンク	DOI: 10.1021/ja107492b, PubMed: 21038867, PMC: PMC2988076

ファイル

投影像・断面図

画像のサイズ:

画像は Spiderにより作成

密度

データのタイプ

Image stored as Reals

空間群

マップ形状

セル

A = 289.6 A , B = 289.6 A , C = 289.6 A ,
alpha = 90 degrees , beta = 90 degrees , gamma = 90 degrees

ピクセルのサイズ

X = 1.81 A , Y = 1.81 A , Z = 1.81 A

CCP4マップヘッダ情報

注釈・詳細

This is a map of the folding intermediate of B. subtilis RNase P Specificity domain

試料
構成要素の数	1
名称	B. subtilis RNase P RNA Specificity domain folding intermediate
オリゴマーの状態	Monomer of Specificity domain
分子量（理論値）	0.05 MDa
詳細	none
分子量測定の手法	Calculation from nucleotide sequence, 154mer RNA
構成要素 #1: 核酸 - RNase P RNA Specificity domain
科学的な名称	RNA
別名	RNase P RNA Specificity domain
分子量（理論値）	0.05 MDa
生物種の科学的名称	Bacillus subtilis (NCBI Taxonomy: 1423)
生物種の別名	Bacteria
配列	GCGAGCCUAGCGAAGUCAUAAGCUAGGGCAGUCUUUAGAGGCUGACGGCA GGAAAAAAGCCUACGUCUUCGGAUAUGGCUGAGUAUCCUUGAAAGUGCCA CAGUGACGAAGUCUCACUAGAAAUGGUGAGAGUGGAACGCGGUAAACCCC UCGC
構造	OTHER
クラス	RNA
合成	No

実験
試料調製
試料濃度	1 mg/ml
試料・支持膜の詳細	400 mesh carbon grid
試料の状態	particle
緩衝液	詳細: 1 mM MgCl2, 20 mM TrisHCl pH 8 pH: 8
急速凍結
手法	2 blots 1 second each before plunging
凍結剤	ETHANE
詳細	Vitrification instrument: FEI Vitrobot mark III
湿度	100
装置	FEI VITROBOT MARK III
温度	77 Kelvin
撮影
顕微鏡	JEOL 2010F
日付	10-MAR-2006
電子銃
電子線源	FIELD EMISSION GUN
加速電圧	200 kV
電子線照射量	16 e/A**2
照射モード	FLOOD BEAM
レンズ
倍率	公称値: 60000 X,
非点収差（補正）	object astigmatism correction made at 400,000 times magnification
球面収差（Cs・公称値）	2 mm
撮影モード	BRIGHT FIELD
デフォーカス	1000 nm - 3500 nm
試料ホルダ
ホルダ	single tilt cryo-holder ( GATAN LIQUID NITROGEN )
温度	94.1 Kelvin ( 93 Kelvin - 95 Kelvin )
カメラ
ディテクター	Gatan Ultrascan 4000
画像の取得
画像の枚数	100

解析
手法	単粒子再構成法
3次元再構成
アルゴリズム	Cross-common lines
ソフトウェア	EMAN
詳細	FSC gives a resolution of 15.2 A, but the model was low-pass filtered to 26 A, corresponding to the first zero-crossing of the data. CTF correction was not performed.
分解能	15.2
分解能の評価方法	FSC at 0.5 cut-off
単粒子
クラス平均像の数	60
投影像の数	11600
詳細	The particles were selected using an automatic selection program and then inspected manually

EMDBの登録データ

ヘッダ（付随情報, XML型式）

マップデータ

FTPディレクトリ

ムービー関連ファイル

ムービー #1

	.mp4 (H.264/MPEG-4 AVC 形式), 3.5 MB .webm (WebM/VP8 形式), 3.9 MB UCSF-Chimera用セッションファイル, 26.4 KB

ムービー #2

	.mp4 (H.264/MPEG-4 AVC 形式), 3.3 MB .webm (WebM/VP8 形式), 3.9 MB UCSF-Chimera用セッションファイル, 26.5 KB