EMDB-1213: マンノース受容体可溶性状態 - マウス由来

エントリ情報
概要
データベース名・ID	EM DATA BANK (EMDB) / 1213
著者・データ登録者	Boskovic J, Arnold JN, Stilion R, Gordon S, Sim RB, Rivera-Calzada A, Wienke D, Isacke CM, Martinez-Pomares L, Llorca O
EMDBのサイト	EMDB @PDBe (EU), EMDB @RCSB (USA)
構造の表現
ムービー	ムービーページ #1: 表面図（断面を密度値に従い着色）, 表面レベル: 3.489813226, UCSF CHIMERAにより作成 #2: 表面図（半径に従い着色）, 表面レベル: 3.489813226, UCSF CHIMERAにより作成
添付画像	1213.gif
構造ビューア	万見, PeppeRを起動 (PeppeRの解説), Volume viewer (RCSB, PDBe)
関連構造データ
類似構造 (beta)	分布図 EMDB-2311 EMDB-1853 EMDB-1252 EMDB-1851 類似構造データの一覧 Omokageシステムについて

文献
引用 - Primary
文献	J. Biol. Chem., Vol. 281, Issue 13, Page 8780-7, Year 2006
タイトル	Structural model for the mannose receptor family uncovered by electron microscopy of Endo180 and the mannose receptor.
著者	Jasminka Boskovic, James N Arnold, Richard Stilion, Siamon Gordon, Robert B Sim, Angel Rivera-Calzada, Dirk Wienke, Clare M Isacke, Luisa Martinez-Pomares, Oscar Llorca Centro de Investigaciones Biológicas, Consejo Superior de Investigaciones Científicas, Ramiro de Maeztu, 9, Campus Universidad Complutense, 28040 Madrid, Spain.
キーワード	Endo180, Hydrogen-Ion Concentration, Imaging, Three-Dimensional, Lectins, C-Type (chemistry), Mannose-Binding Lectins (chemistry), Microscopy, Electron, Models, Structural, Protein Conformation, Protein Structure, Tertiary, Receptors, Cell Surface (chemistry), Receptors, Mitogen (chemistry), mannose receptor
リンク	DOI: 10.1074/jbc.M513277200, PubMed: 16452473

ファイル

投影像・断面図

画像のサイズ:

画像は Spiderにより作成

密度

データのタイプ

float (32-bit)

空間群

マップ形状

セル

A = 254.4 A , B = 254.4 A , C = 254.4 A ,
alpha = 90 degrees , beta = 90 degrees , gamma = 90 degrees

ピクセルのサイズ

X = 5.3 A , Y = 5.3 A , Z = 5.3 A

CCP4マップヘッダ情報

注釈・詳細

This a 3D reconstruction of the soluble fragment of the mannose receptor

試料
名称	Soluble Form of Mouse Mannose Receptor
オリゴマーの状態	monomer
構成要素の数	1
分子量（実験値）	0.16 MDa
分子量（理論値）	0.180 MDa
分子量測定の手法	Gel Filtration Chromatography
構成要素 #1: タンパク質 - MR
科学的な名称	Mannose Receptor
別名	MR
分子量（理論値）	0.16 MDa
分子量（実験値）	0.18 MDa
オリゴマー状態の詳細	Monomer
コピー数	1
生物種の科学的名称	Mus musculus (NCBI Taxonomy: 10090)
生物種の別名	Mouse
詳細	MR(CD206) is a member of mannose receptor family of transmembrane receptors which acts as a molecular scavenger that binds and internalises potentially harmful glycoproteins and may also mediate phagocytosis of a wide variety of microbes.
組み替え発現	Yes
由来（天然）	細胞器官: Supernatant 細胞の位置: membrane
由来（合成）	ベクター: pMH 発現系: 293T

実験
試料調製
試料濃度	0.2 mg/ml
染色	Protein was adsorbed to glow-discharged carbon-coated grids and negatively stained with 2% w/v uranyl acetate
試料・支持膜の詳細	400 mesh copper-rhodium grid
試料の状態	particle
緩衝液	詳細: 10mMTris,140mM Nacl,10 mM CaCl2 pH: 7.4
急速凍結
凍結剤	NONE
撮影
顕微鏡	OTHER
詳細	Electron microscope was JEOL JEM-120, 120kV. Specimen holder, JEOL type M: 207EM-11020. Images were colected in low-dose conditions
電子銃
電子線源	TUNGSTEN HAIRPIN
加速電圧	100 kV
照射モード	FLOOD BEAM
レンズ
倍率	公称値: 40000 X, 実測値: 38000 X
非点収差（補正）	objective lens astigmatism was corrected at 100,000 times magnification
球面収差（Cs・公称値）	2.9 mm
撮影モード	BRIGHT FIELD
試料ホルダ
ホルダ	Eucentric ( OTHER )
カメラ
ディテクター	Kodak 4489
画像の取得
サンプリングサイズ	5.3 microns
ビット数	16
スキャナ	OTHER
詳細	Minolta Dimage Scan Multi Pro. Scan at 2400 dpi

解析
手法	単粒子再構成法
3次元再構成
アルゴリズム	Angular refinement
ソフトウェア	EMAN
分解能	33
分解能の評価方法	FSC at 0.5 cut-off
詳細	Angular refinement using a blob as starting reference volume
単粒子
投影像の数	7322
詳細	Particles were selected using boxer program from EMAN (J.Struct.Biol. (1999) 128:82-97)
原子モデルのあてはめ
モデル #0
精密化のプロトコル	rigid body
精密化に使用した空間	REAL
詳細	Protocol: Rigid Body. Fiting was performed manually using UCSF Chimera package (J. Comput. Chem. (2004: 24, 1605-1612)

EMDBの登録データ

ヘッダ（付随情報, XML型式）

マップデータ

画像

FTPディレクトリ

ムービー関連ファイル

ムービー #1

	.mp4 (H.264/MPEG-4 AVC 形式), 3.4 MB .webm (WebM/VP8 形式), 4.9 MB UCSF-Chimera用セッションファイル, 19.7 KB

ムービー #2

	.mp4 (H.264/MPEG-4 AVC 形式), 3.2 MB .webm (WebM/VP8 形式), 4.4 MB UCSF-Chimera用セッションファイル, 19.7 KB