3次元電子顕微鏡データナビゲーター [English / 日本語]
Three-dimensional structure of a pre-catalytic human spliceosomal complex B.
単粒子再構成法による
#1: 表面図（断面を密度値に従い着色）, 表面レベル: 0.134651394, UCSF CHIMERAにより作成
#2: 表面図（半径に従い着色）, 表面レベル: 0.134651394, UCSF CHIMERAにより作成
 エントリ情報 | |
| 概要 | |
| データベース名・ID | EM DATA BANK (EMDB) / 1066 |
|---|---|
| タイトル | Three-dimensional structure of a pre-catalytic human spliceosomal complex B. プレ触媒性 スプライソソーム BΔU1 - ヒト HeLa細胞 由来 |
| マップデータ | 3D map of the spliceosome (B delta U1) |
| 試料 | HeLa human pre-catalytic Spliceosome, B delta U1 |
| 著者・データ登録者 | Boehringer D, Makarov EM, Sander B, Makarova OV, Kastner B, Luehrmann R, Stark H |
| 日付 | Deposition: 2003-12-23, Header release: 2003-12-23, Map release: 2004-12-23, Last update: 2012-10-24 |
| EMDBのサイト |  EMDB @PDBe (EU), EMDB @RCSB (USA) |
| 構造の表現 | |
| ムービー |  ムービーページ#1: 表面図（断面を密度値に従い着色）, 表面レベル: 0.134651394, UCSF CHIMERAにより作成 #2: 表面図（半径に従い着色）, 表面レベル: 0.134651394, UCSF CHIMERAにより作成 |
| 添付画像 | |
| 構造ビューア |  万見,  PeppeRを起動 (PeppeRの解説), Volume viewer (RCSB, PDBe) |
| 関連構造データ | |
| 類似構造 (beta) |
 類似構造データの一覧  Omokageシステムについて |
 文献 | |
| 引用 - Primary | |
| 文献 | Nat. Struct. Mol. Biol., Vol. 11, Issue 5, Page 463-8, Year 2004 |
|---|---|
| タイトル | Three-dimensional structure of a pre-catalytic human spliceosomal complex B. |
| 著者 | Daniel Boehringer, Evgeny M Makarov, Bjoern Sander, Olga V Makarova, Berthold Kastner, Reinhard Lührmann, Holger Stark Max Planck Institute for Biophysical Chemistry, Department of Cellular Biochemistry, Am Fassberg 11, 37077 Goettingen, Germany. |
| キーワード |  Catalysis, Humans, Microscopy, Electron, Protein Conformation, Proteins (chemistry), Spliceosomes (chemistry) |
| リンク | PubMed: 15098019, DOI: 10.1038/nsmb761 |
 マップデータ | |||||||||||||||||||||||||
| ファイル |  EMD-1066.map ( map file in CCP4 format, 1049 KB ) | ||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 投影像・断面図 | 画像のサイズ:
画像は Spiderにより作成 | ||||||||||||||||||||||||
| 密度 |
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| データのタイプ | float (32-bit) | ||||||||||||||||||||||||
| 空間群 | 1 | ||||||||||||||||||||||||
| マップ形状 |
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| 単位格子 | A= B= C: 554.24 A Alpha=beta=gamma: 90 degrees | ||||||||||||||||||||||||
| ピクセルのサイズ | X= Y= Z: 8.66 A | ||||||||||||||||||||||||
| CCP4マップヘッダ情報 | |||||||||||||||||||||||||
| 注釈・詳細 | 3D map of the spliceosome (B delta U1) | ||||||||||||||||||||||||
 添付情報 | |
| 画像 | |
| 画像 | |
|---|---|
 試料 | |
| 名称 | HeLa human pre-catalytic Spliceosome, B delta U1 |
|---|---|
| 構成要素の数 | 1 |
| 構成要素 #1: 細胞要素 - ribo nucleo protein complex | |
| 科学的な名称 | spliceosome |
| 別名 | ribo nucleo protein complex |
| 生物種の科学的名称 | Homo sapiens |
| 生物種の別名 | Human |
| NCBI taxonomy | 9606 |
| 組み替え発現 | No |
| 由来（天然） | Cell: HeLa |
 実験 | |
| 試料調製 | |
| 試料の状態 | particle |
|---|---|
| 急速凍結 | |
| 凍結剤 | ETHANE |
| 撮影 | |
| 顕微鏡 | FEI/PHILIPS CM200FEG |
| 電子銃 | |
| 電子線源 | FIELD EMISSION GUN |
| 加速電圧 | 160 kV |
| 照射モード | FLOOD BEAM |
| レンズ | |
| 撮影モード | BRIGHT FIELD |
| 試料ホルダ | |
| ホルダ | Eucentric |
| モデル | GATAN LIQUID NITROGEN |
| カメラ | |
 解析 | |
| 手法 | 単粒子再構成法 |
|---|---|
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詳細ページ - EMDB-1066
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