EMDB-5187: Cryo-EM of SV40 Virion

エントリ情報
概要
データベース名・ID	EM DATA BANK (EMDB) / 5187
著者・データ登録者	Shen PS, Enderlein D, Nelson C, Carter WS, Kawano M, Xing L, Swenson RD, Olson NH, Baker TS, Cheng RH, Atwood WJ, Johne R, Belnap DM
EMDBのサイト	EMDB @PDBe (EU), EMDB @RCSB (USA)
構造の表現
ムービー	ムービーページ #1: 表面図（断面を密度値に従い着色）, 表面レベル: 151, UCSF CHIMERAにより作成 #2: 表面図（半径に従い着色）, 表面レベル: 151, UCSF CHIMERAにより作成
添付画像	EMDB登録画像
構造ビューア	万見, PeppeRを起動 (PeppeRの解説), Volume viewer (RCSB, PDBe)
関連構造データ
関連するエントリ	EMDB-5180 Cite EMDB-5181 Cite EMDB-5182 Cite EMDB-5183 Cite EMDB-5184 Cite PDB-3iys Cite Cite: 同じ文献を引用しているデータ
類似構造 (beta)	分布図 EMDB-5115 EMDB-5006 EMDB-5296 EMDB-1407 EMDB-5117 類似構造データの一覧 Omokageシステムについて

文献
引用 - Primary
文献	Virology, Vol. 411, Issue 1, Page 142-52, Year 2011
タイトル	The structure of avian polyomavirus reveals variably sized capsids, non-conserved inter-capsomere interactions, and a possible location of the minor capsid protein VP4.
著者	Peter S Shen, Dirk Enderlein, Christian D S Nelson, Weston S Carter, Masaaki Kawano, Li Xing, Robert D Swenson, Norman H Olson, Timothy S Baker, R Holland Cheng, Walter J Atwood, Reimar Johne, David M Belnap Department of Chemistry and Biochemistry, Brigham Young University, Provo, UT 84602, USA.
キーワード	Animals, Capsid (ultrastructure), Capsid Proteins (metabolism), Cryoelectron Microscopy, Macromolecular Substances (ultrastructure), Melopsittacus (virology), Polyomavirus (isolation & purification)
リンク	DOI: 10.1016/j.virol.2010.12.005, PubMed: 21239031, PMC: PMC3057058
引用 - #1
文献	J.MOL.BIOL.
タイトル	Conserved features in papillomavirus and polyomavirus capsids
著者・データ登録者	Belnap DM, Olson NH, Cladel NM, Newcomb WW, Brown JC, Kreider JW, Christensen ND, Baker TS

ファイル

投影像・断面図

画像のサイズ:

画像は Spiderにより作成

密度

データのタイプ

Image stored as Reals

空間群

マップ形状

セル

A = 593.25 A , B = 593.25 A , C = 593.25 A ,
alpha = 90 degrees , beta = 90 degrees , gamma = 90 degrees

ピクセルのサイズ

X = 1.75 A , Y = 1.75 A , Z = 1.75 A

CCP4マップヘッダ情報

注釈・詳細

cryo-EM based reconstruction of SV40 virions

試料
構成要素の数	1
名称	simian virus 40
オリゴマーの状態	virions
構成要素 #1: ウイルス - SV40
科学的な名称	Simian virus 40
別名	SV40
生物種の科学的名称	Simian virus 40 (NCBI Taxonomy: 10633)
生物種の別名	SV40
詳細	Cryo-EM of simian virus 40 over holey carbon grids
中空か	No
エンベロープを持つか	No
単離	STRAIN
クラス	VIRION
由来（天然）	宿主の分類: VERTEBRATES
殻	直径: 500 A 要素名: VP1 T番号: 7

実験
試料調製
試料・支持膜の詳細	400 mesh copper grid (holey carbon)
試料の状態	particle
緩衝液	pH: 7.4
急速凍結
手法	blotted for a few seconds before plunging
凍結剤	ETHANE
詳細	Vitrification instrument: homemade. vitrification carried out in normal, room atmosphere
装置	HOMEMADE PLUNGER
撮影
顕微鏡	FEI/PHILIPS EM420
電子銃
電子線源	TUNGSTEN HAIRPIN
加速電圧	80 kV
電子線照射量	11.5 e/A**2
照射モード	FLOOD BEAM
レンズ
倍率	公称値: 36000 X, 実測値: 36300 X
球面収差（Cs・公称値）	2 mm
撮影モード	BRIGHT FIELD
デフォーカス	500 nm - 4900 nm
試料ホルダ
ホルダ	Side entry liquid nitrogen-cooled cryo specimen holder ( GATAN LIQUID NITROGEN )
カメラ
ディテクター	Kodak SO163 film
画像の取得
スキャナ	NIKON SUPER COOLSCAN 9000
画像の枚数	10
サンプリングサイズ	1.75 microns
ビット数	16
詳細	Micrographs digitized in positive contrast mode.

解析
手法	単粒子再構成法
3次元再構成
アルゴリズム	Fourier Bessel
ソフトウェア	PFT3DR
CTF補正	each micrograph
分解能	23
分解能の評価方法	FSC at 0.3 cut-off
単粒子
投影像の数	1155
詳細	Particles were selected using X3DPREPROCESS.
原子モデルのあてはめ
モデル #0
当てはまり具合の基準	R-factor
詳細	Protocol: Rigid Body
ソフトウェア	UCSF Chimera
精密化のプロトコル	rigid body
精密化に使用した空間	REAL

EMDBの登録データ

ヘッダ（付随情報, XML型式）

マップデータ

FTPディレクトリ

ムービー関連ファイル

ムービー #1

	.mp4 (H.264/MPEG-4 AVC 形式), 3.6 MB .webm (WebM/VP8 形式), 5.5 MB UCSF-Chimera用セッションファイル, 25.9 KB

ムービー #2

	.mp4 (H.264/MPEG-4 AVC 形式), 3.1 MB .webm (WebM/VP8 形式), 4.8 MB UCSF-Chimera用セッションファイル, 25.8 KB