[日本語] English
万見
- EMDB-5026: Cryo-negative stain structure of the yeast transcription factor T... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5026
タイトルCryo-negative stain structure of the yeast transcription factor TFIID at 20 A resolution
マップデータVolume of yeast TFIID filtered to 20 A resolution
試料
  • 試料: TAp-tag purified yeast TFIID
  • タンパク質・ペプチド: Transcription factor TFIID
キーワードTranscription factor TFIID / cryo electron microscopy / yeast (酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 22.0 Å
データ登録者Papai G / Tripathi MK / Ruhlmann C / Crucifix C / Jennings JL / Link AJ / Weil PA / Schultz P
引用ジャーナル: Structure / 年: 2009
タイトル: Mapping the initiator binding Taf2 subunit in the structure of hydrated yeast TFIID.
著者: Gabor Papai / Manish K Tripathi / Christine Ruhlmann / Sebastiaan Werten / Corinne Crucifix / P Anthony Weil / Patrick Schultz /
要旨: The general transcription factor TFIID is a large multisubunit complex required for the transcription of most protein-encoding genes by RNA polymerase II. Taking advantage of a TFIID preparation ...The general transcription factor TFIID is a large multisubunit complex required for the transcription of most protein-encoding genes by RNA polymerase II. Taking advantage of a TFIID preparation partially depleted in the initiator-binding Taf2p subunit, we determined the conformational and biochemical variations of the complex by electron tomography and cryo-electron microscopy of single molecules. Image analysis revealed the extent of conformational flexibility of the complex and the selection of the most homogeneous TFIID subpopulation allowed us to determine an improved structural model at 23 Angstroms resolution. This study also identified two subpopulations of Taf2p-containing and Taf2p-depleted TFIID molecules. By comparing these two TFIID species we could infer the position of Taf2p, which was confirmed by immunolabeling using a subunit-specific antibody. Mapping the position of this crucial subunit in the vicinity of Taf1p and of TBP sheds new light on its role in promoter recognition.
履歴
登録2008年8月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2009年3月11日-
マップ公開2009年5月5日-
更新2009年5月5日-
現状2009年5月5日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0005
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0005
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5026_1.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5026.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Volume of yeast TFIID filtered to 20 A resolution
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.54 Å
密度
表面レベル1: 0.0004 / ムービー #1: 0.0005
最小 - 最大-0.00136816 - 0.00285578
平均 (標準偏差)0.000000186638 (±0.000207027)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-80-79-80
サイズ160160160
Spacing160160160
セルA=B=C: 406.4 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.542.542.54
M x/y/z160160160
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z406.400406.400406.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-127-127-127
NX/NY/NZ255255255
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-79-80-80
NC/NR/NS160160160
D min/max/mean-0.0010.0030.000

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : TAp-tag purified yeast TFIID

全体名称: TAp-tag purified yeast TFIID
要素
  • 試料: TAp-tag purified yeast TFIID
  • タンパク質・ペプチド: Transcription factor TFIID

-
超分子 #1000: TAp-tag purified yeast TFIID

超分子名称: TAp-tag purified yeast TFIID / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: monomeric / Number unique components: 1
分子量実験値: 900 KDa / 理論値: 900 KDa

-
分子 #1: Transcription factor TFIID

分子名称: Transcription factor TFIID / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: TFIID / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes / データベース: NCBI
由来(天然)株: YLSTAF1 / 細胞: yeast / 細胞中の位置: nuclear protein
分子量実験値: 900 MDa / 理論値: 900 MDa

-
実験情報

-
構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度1.4 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 詳細: 10 mM Tris-HCL, 300 mM NaCl, 20% glycerol
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Thin carbon film with adsorbed protein were floated on 2% w/v uranyl acetate for 30 seconds.
グリッド詳細: 400 mesh copper/rhodium grid with holey carbon
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: house made / 手法: blot for about 2 seconds before plunging

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 40080 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.96 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.137 µm / 倍率（公称値）: 40000
試料ステージ試料ホルダー: Side entry / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
温度平均: 90 K
日付2006年9月19日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: PRIMESCAN / デジタル化 - サンプリング間隔: 5.1 µm / 実像数: 121 / 平均電子線量: 15 e/Å2 / Od range: 1.4 / ビット/ピクセル: 16
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

CTF補正詳細: phase flipping on each particle from one micrograph
最終 2次元分類クラス数: 700
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 22.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: IMAGIC, SPIDER / 使用した粒子像数: 10205
詳細Most homogeneous particles were sorted out by using several starting models obtained by electron tomography.

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る