[English]
[Japanese]
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RCSB PDBのFAQページ(英語)もご覧下さい。
A) 毎週水曜日の午前９時に、行っております。
トップページ右上の「xxxxx entries available」と表示された部分をクリックして戴くと、「PDB最新情報」へジャンプし、新しく公開されたエントリ・更新されたエントリを確認して頂けます。
このデータ更新は、wwPDBの3拠点(米国のRCSB PDB、欧州のPDBe、PDBj)で、UTC0時に同時に行われます。 (水曜日00:00UTCは日本時間で水曜日の9:00AMとなります)
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A) 申し訳ございませんが、全てのデータを含むCD-ROMの配布は、PDBj では、2004年版で終了しております。
rysncプロトコルを利用してダウンロードできますので、詳細は、
「PDB Archive/Snapshot Archiveページ」をご参照下さい。
DVDをご希望される場合は、cddvd@rcsb.rutgers.edu（米国のRCSB-PDB）へご連絡下さい。
過去のニューズレター (Data Distribution on DVD)にもアナウンスがございます。
A) RCSB PDB と PDBj、PDBeで公開しております PDBデータは完全に同じものです。
また、データの公開・更新は3拠点で同時に行われ、 2009年10月9日のニュースでお知らせしております。
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A) FTPプロトコルを使用する場合は、下記からダウンロードできます。
ftp://pdb.protein.osaka-u.ac.jp/
rsyncプロトコルを使用する場合のコマンドや、スナップショットアーカイブ等、詳細は 「PDB Archive/Snapshot Archiveページ」をご覧下さい。
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A) FTPサイトの、下記ディレクトリの下にフォーマット別にデータが収められています。
ftp://pdb.protein.osaka-u.ac.jp/pub/pdb/data/structures/divided/
XMLフォーマットは、必要とするデータに応じて下記の３つのディレクトリからデータをダウンロードして下さい。
A) ”Functional Details”の情報は、PDBj で抽出した付加情報ですので、PDBMLそのものには入っておらず、 PDBMLplusというPDBjで作っている付加情報のファイルに入っています。
PDBMLplusは以下のサイトからダウンロードできます。
ftp://ftp.pdbj.org/XML/pdbmlplus/pdbml_xp/
ftp://ftp.pdbj.org/XML/pdbmlplus/pdbml_xp_gz/ …圧縮(.gz)ファイル
A) PDBj各ページの左メニューにあります 検索>> をクリックして頂くと、
ヘルプページの「検索サービス」を参照して頂けます。
ここには、PDBjの検索サービスの概要がまとめられており、個々の検索サービスのチュートリアルへのリンクもあります。
A) PDBj Mineでは、目的に応じて、簡易検索、詳細検索、SQL検索がご利用頂けます。
ヘルプページに使用方法をまとめていますので、参照して下さい。
ご不明な点がございましたら、「お問い合わせページ」からお問い合わせ下さい。
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A) 残念ながらPDBフォーマットの一部のデータのみをダウンロードすることはできません。
XMLフォーマットでの部分抽出は可能ですので、下記の質問・回答も参考にして下さい。
A) PDBj MineのSQL検索がお使い頂けます。
また、以前の検索サービスであるxPSSSのXQuery/XPath検索も当面ご利用頂けます。
よく使用される例を下記ヘルプページに掲載しておりますので、参考にして下さい。
抽出方法がご不明の場合は、抽出したい内容等を明記して「お問い合わせページ」からお問い合わせ下さい。
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A) PDBjトップページ Mineのキーワードボックスに、Swiss-Prot IDを入力すれば検索できます。
より複雑な条件を検索したい場合、詳細検索をお使い下さい。
詳細検索の説明は、ヘルプページもご覧下さい。
A) Sequence-Navigatorをご利用下さい。
PDBjホームページ左のメニューにある”Sequence-Navigator”をクリックすればアクセスできます。
ご使用方法は、Sequence-Navigatorトップページにありますマニュアルを参考にして下さい。
A) 化合物の名称を、PDBjトップページMineのキーワードボックスにご入力下さい。
ヒットしなければ、PDBには登録されていない可能性が高いです。
より複雑な条件を検索したい場合、詳細検索もお使い下さい。 詳細検索の説明は、ヘルプページもご覧下さい。
[質問一覧に戻る]A) 分解能は、Mineの詳細検索で分解能の 項目に値を設定して頂くことにより、検索することができます。
また、SQL、XQuery/XPath検索を利用した例を、下記のヘルプページに掲載しております。
[質問一覧に戻る]A) structure fileを持つPDBIDのリストは、PDB最新情報ページの構造因子エントリから、確認することができます。
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A) 当サイトのデータ・文章・画像は、無料で自由にご利用いただけますが、転載・引用いただく際には、
引用元として、下記のように明記いただくことをお願い致しております。
（利用規約）
「日本蛋白質構造データバンク (PDBj)」 （日本語の場合）
「Protein Data Bank Japan (PDBj)」 （英語の場合）
また、転載されましたものの原本かコピーをいただけますと、こちらとしても貴重な資料となりますので、お送りいただけますと幸いです。
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A) 2003年よりPDBjは、RCSB PDB、PDBeとの３極でwwPDBとしてPDBのデータベースを運営しております。
ですので、ご質問の件についてはPDBjへお問い合わせいただいて問題ございません。
また、当サイトのデータ・文章・画像は、無料で自由にご利用いただけます。転載・引用いただく際には、
引用元として、下記のように明記いただくことをお願い致しております。
（利用規約）
「日本蛋白質構造データバンク (PDBj)」 （日本語の場合）
「Protein Data Bank Japan (PDBj)」 （英語の場合）
A) EM Data Bankのデータは、無料で自由にご利用いただけます。
EM Navigatorの動画は全てPDBjで作成したものであり、こちらも無料で自由にご利用いただけます。
引用元は”EM Navigator, PDBj”としていただければ幸いです。
A) ログデータは、統計分析の目的のためにのみ取得しており、第三者に開示することはありません。 個人情報保護の基本方針については、利用規約・プライバシーポリシーのページもご参照下さい。
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A) PDBj各ページの左メニューにあります サービス&ソフトウェア>> をクリックして頂くと、ヘルプページを参照して頂けます。
ここには、PDBjのサービスやソフトウェアの概要がまとめられており、個々のサービスのチュートリアルへのリンクもあります。
A) PDBjトップページのメニューにあります「jV: Graphic Viewer」をご覧ください
ダウンロード、操作方法などがご覧になれます。
コマンド等の詳細・使用例はこちらの「マニュアル」をご覧ください。
[質問一覧に戻る]A) 「jV: Graphic Viewer」のダウンロードページをご覧ください。
「アプレット設定のための資料(PDFファイル)」の下にある、該当するOSの説明に従って、インストールを行って下さい。
A) 例えば背景色を青色に変更する場合、jVのコマンドsetを使用して、下記のように入力して下さい
set background blue又は
background blue
ヘルプページのjVマニュアル もご覧下さい。
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A) jV のメニューの「Display」から「Cartoon」を選択するとリボンモデルの表示に切り替わります。
特定のアミノ酸又は原子を充填モデルで表示するためには、コマンドselectでアミノ酸又は原子を指定
した後、[Display]から[Spacefill]を選択して下さい。
select 32 || 64（例）残基番号と原子名で指定した場合
select 32 && (ASP.OD1 || ASP.CG || ASP.OD2)
詳細な指定方法は、 jVマニュアル(8.原子表現) をご覧ください。
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A) メニューの [File]から[Save] ->[PNG/JPEG] を選択すれば指定した形式で保存できます。
（アプレットでお使いの場合は、右クリックするとメニューが表示されます）
スタンドアロンでお使いの場合、コマンド save を使用して保存することもできます。
[質問一覧に戻る]A) スタンドアロンでお使いの場合、jVのコマンドラインで、コマンド set を使用して、画面のサイズを大きくしてから保存します。
set imagesize 800 800
数字はピクセル値です。解像度は、表示に用いるディスプレイ（ハードウェア）の大きさにも依存します。 大きめのディスプレイをご使用の場合、上記の800を例えば1000にすればもっと高い解像度が出ます。 また、コマンド zoom で、表示されるタンパク質の絵をウィンドウの大きさギリギリまで拡大することができます。
zoom 130
数字は％値です。この例の場合、元の絵の1.3倍に拡大されます。
この後、メニューの [File]から[Save] ->[JPEG] を選択すれば JPEG 形式で保存できます。
A) EM NavigatorのFAQページをご覧下さい。ご質問に対する回答が見つからない場合は、「お問い合わせページ」からお問い合わせ下さい。
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A) XMLフォーマットについては下記の文献を参考にして下さい
PDBML: The representation of archival macromolecular structure data in XML
Westbrook, J.D., Ito, N., Nakamura, H., Henrick, K., Berman, H.M.
Bioinformatics 21 (7): 98 (2005)
[PubMed]
[doi:10.1093/bioinformatics/bti082]
出版物のページに各種文献を掲載しております。
[質問一覧に戻る]A) PDBML, PDBMLplusに対するXML Schemaは下記をご覧ください。
PDBML:
http://pdbml.pdb.org/schema/pdbx-v40.xsd
PDBMLplus:
http://service.pdbj.org/mine/schema_j.html
A) 下記の例のように、"http://www.pdbj.org/pdb/"の後ろにpdb idを指定して頂くことで、PDBj Mineの概要ページへリンクさせることができます。(例：1NIH)
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A) 2010年4,5月のサーバの変更に伴い、IPアドレスを下記の通り変更しております。
お手数ですが、変更後のIPアドレスでのアクセスをお願いいたします。
| PDB Archiveサーバ | (pdb.protein.osaka-u.ac.jp) | 133.1.158.137 |
| PDBj FTPサーバ | (ftp.pdbj.org) | 133.1.158.142 |
※ホスト名に変更はありません。
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A) RasMacのバグだと思われます。
対処として、pdbファイルの拡張子を.pdbから.txtに変更する、または.pdbのファイルをRasMacに関連付けすることで、回避可能です。
また、PDBjではRasmolをベースとしたjVというviewerを開発し、随時アップデートを行っております。
「jV: Graphic Viewer」をご覧下さい。
rasmolの様にスタンドアロンで使用する場合は、jVのダウンロードページからバイナリファイルをダウンロードし、解凍したjarファイルをダブルクリックするだけでお使いになれます（JREの環境は必要です）。
アプレットとしての利用の場合は、設定資料に従ってインストールして頂ければお使いになれます。
A) PDBのファイル形式に変更がありましたが、古いバージョンのPDBjViewerがそれに対応していない可能性が考えられます。
PDBjViewerは、現在 jV と名前を変えています。jVのダウンロードページから最新版をインストールして下さい。
A) JRE6 Update15(1.6.0_15), JRE6 Update16(1.6.0_16) をお使いの場合、
以下のエラーが発生し、jVの表示ができなくなることがあります。
JRE6 Update17(1.6.0_17)以降をお使いください。
その他の閲覧のトラブルについては、jV 利用マニュアル - トラブルシューティングをご覧下さい。
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A) PDBでは、wwPDBという国際組織を作っており、フォーマットについても、そこに整理されています。(英語)
wwPDBのDocumentationページ内にあります
最新版(*)のPDB File Format（PDF, HTML）をご覧ください。
日本語によるPDBフォーマットの簡易版説明は、こちらをご覧ください 日本語版については、今後充実させていく予定です。
(*)2010年5月1日時点の最新バージョンはv3.2
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A) 「PDB登録・編集に関するお問い合わせ」からお問い合わせ頂けます。
メールの件名にRCSB/PDB IDを明記して、英語でご記入下さい。
A) PDBjの登録サイトからご登録の場合、一年間有効です。
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A) 「PDB登録・編集に関するお問い合わせ」から、文献情報をご連絡頂けると助かります。
最短で、翌水曜日の午前9:00(日本時間)、間に合わなければ、その次の水曜日に公開となります。
A) 下記から該当の実験手法に対応する選択肢を選んで下さい。
| 実験手法 | PDB登録時の選択 |
|---|---|
| Electron diffraction | Electron Microscopy |
| Fiber diffraction | X-ray |
| FTIR or Infrared spectroscopy | NMR |
| Neutron diffraction | X-ray |
| Powder diffraction | X-ray |
A) 大文字, 小文字, 数字には使い分けはありません。
まず大文字(A-Z)と数字(0-9)のチェーンIDを使い、36を超える鎖が存在する場合にはさらに
小文字(a-z)のチェーンIDを使用することで、最大62本の鎖を記述することができます。
wwPDBのDocumentationページ内にありますProcessing Procedures（PDF）をご覧ください。 4章 Chain ID assignment内に記述されています。
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