PDBjViewer


PDBjViewer(version 1)
  分子構造と分子表面の可視化は、「PDBjViewer(version 1)」と呼ばれるJavaアプレットプロ グラムで実行されます。PDBjViewer(version 1) プログラムは、日本蛋白質構造データバンク (PDBj)の 活動の一つとして、独立行政法人科学技術振興機構・バイオインフォマティクス 推進センター(BIRD-JST)の支援を受けて、木下賢吾(東京大学医科学研究所助教授) と 中村春木(大阪大学蛋白質研究所教授)によって開発されたものです。 PDBjViewer バージョン1は、このWEBページから自由に配布されます。
  2つのイメージウインドウが開きます。左のウインドウに分子構造、右のウインドウに分子表面 を表示します。マウスの操作は以下の通りです。

action Windows
x, yの回転
ズーム
x, yの移動

Alt + 左

PDBjViewer(version 1)を使用するために、 Java プラグインJava 3D API のインストールが必要です。 必要なバージョンは以下の通りです。
· JRE (Java プラグインを含む) 1.4.1 以降 (1.4.2を推奨)
· Java 3D API (OpenGL) 1.2.1 以降 (1.2.1_04を推奨)
重要な注意
  • Java 3D は、OpenGL バージョンと DirectX バージョンの2種類から選択 できますが、PDBjViewer(version 1)は現在OpenGL バージョンのみ動作します。
  • PDBjViewer(version 1)はJRE 1.4.1_03 から 1.4.1_06では動作しません。

  PDBjViewer(version 1)は上記と同じ要件で、アプレットと同様にスタンドアロン プログラムとしても使用できます。 マウス操作に加え、コマンドラインインタフェースを提供します。

jV version 2
  jV version 2 は、スタンドアロンプログラムとしてのみ使用できる、PDBjViewer(version 1) の拡張バージョンです。 同時に1つ以上の分子イメージを表示でき、モデルの表示と変換を別々に操作でき ます。 jV version 2 はWindowsプラットフォームの .NET framework 1.1 上で動作します。 .NET framework 1.1のインストールが必要です。

jV と PDBjViewerのダウンロード   [ バイナリ , ソースコード ]



Back to the PDBj top page