PDBjViewer (jV)
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概要
PDBjViewer (略してjV) は、蛋白質や核酸等の生体高分子を表示する３次元ビューアのプログラムです。
このプログラムの特徴は以下の通りです：
- PDBの正式なXML記述であるPDBMLファイルを読み込んで表示することができます．
- もちろん通常のPDBフォーマットファイルを読み込んで表示することもできます．
- RasMol-likeな操作性．
- 1つ以上の分子の座標を同時に読み込んで表示することができます．
- XMLで記述されたポリゴン（多面体）を表示することができます．（ポリゴンファイルの XMLスキーマは公開されています．）
- 複数のポリゴンファイルを操作でき，分子イメージに重ねあわせることができます．
- 分子のアニメーションを作成することもできます．(アニメーション用のファイルは，一つ一つのフレームがMODEL行で区切られたPDBフォーマットとなっています．)
- Java Runtime Environment (JRE) の上で稼働し，スタンドアロン・プログラムとしても，またアプレットとしても利用できます．
- OpenGL (JOGL) を用いているため，グラフィクス表示がきれいです．
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表示例
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| 空間充填モデル | |
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| 挿絵モデル | |
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| 分子表面表示 | |
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| 電子密度表示 | |
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jVを利用したシステム
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ダウンロード
最新バージョン
Web ブラウザ上でjV3を利用するには，Java Runtime Environment (JRE) と JOGL のインストールが必要です．
- JRE
- バージョン1.4.2以降．多くのシステムではインストール済みです．Windows系の一部のOSなど，もしインストールされていない場合は，Java のホームページからダウンロード・インストールしてください．
- JOGL
- バージョンJSR-231 1.0.0．ご利用の環境に合わせて，以下のリンク先からダウンロード・インストールしてください．
- アプレット設定のための資料 (PDFファイル)
- [Windows(2007.1.9) |
Mac OS X (PPC or Intel) (2006.12.19) |
Linux]
さらに，jV3をデスクトップで利用するには，JREとJOGLに加えて，以下のいずれかをダウンロードしてください．
過去のバージョン
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操作法
基本的な操作法は下の表の通りです．詳しくはマニュアル [html版] [pdf版]およびユーザーガイドをご覧ください．
| 操作 |
Windows, Linux |
Mac OS X |
| x, y軸回りの回転 | マウス左ボタンのドラッグ | マウスによるドラッグ |
| z軸回りの回転 | シフト＋右ボタンのドラッグ | シフト＋コマンド＋マウスドラッグ |
| x, y軸に沿った並進 | 右ボタンのドラッグ | コマンド＋マウスドラッグ |
| z軸に沿った並進 | シフト＋左ボタンのドラッグ | シフト＋マウスドラッグ |
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謝辞
「jV version 3」プログラムは、日本蛋白質構造データバンク（PDBj）の活動の一つとして、独立行政法人科学技術振興機構・バイオインフォマティクス推進センター（BIRD-JST）の支援を受けて、木下賢吾（東京大学医科学研究所助教授）と中村春木（大阪大学蛋白質研究所教授）によって開発されたものです。
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